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J-GLOBAL ID：201102255180960668   整理番号：11A1360398

一連の小相同アミノ酸配列を用いたDNAギラーゼのBサブユニット及びそれのATPアーゼドメインの系統発生に基づく設計

Phylogeny-Based Design of a B-Subunit of DNA Gyrase and Its ATPase Domain Using a Small Set of Homologous Amino Acid Sequences

著者 (7件)： AKANUMA Satoshi ,  IWAMI Shoko ,  YOKOI Tamaki ,  NAKAMURA Nana ,  WATANABE Hideaki ,  YOKOBORI Shin-ichi ,  YAMAGISHI Akihiko
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 412  号： 2  ページ： 212-225  発行年： 2011年09月16日 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高い熱安定性を持つ変異蛋白質を生成するために使用される系統発生に基づく設計法を開発した。先に,1つの原型残基または少数の原型残基が系統発生的に推定される「祖先」配列において見出される残基または残基群と置換した変異体を生成及び特性化することによりこの方法の予測価値を評価している。この研究において,この方法を用いて16ギラーゼBサブユニット配列から成る系統樹の最深節位置の配列を設計し,次いで合成及び特性化した。この配列を16の現存DNAギラーゼ及び現存する3型DNAトポイソメラーゼVIの配列から推定した。推定配列及びそれのN末端ATPアーゼドメインをコードする遺伝子をPCRにより構築し,大腸菌において発現した。全長設計蛋白質は現存する好熱性Thermus thermophilus DNAギラーゼのサブユニットBよりもわずかに低い熱安定性であったが,設計ATPアーゼドメインの熱安定性はT.thermophilus ATPアーゼドメインのそれにさらに類似した。さらに,設計ATPアーゼドメインは顕著な触媒活性を保持した。それゆえに,一連の小相同アミノ酸配列は熱安定及び機能的蛋白質を設計するための十分な情報を含有した。単離した設計ATPアーゼドメインは16ギラーゼ間で最も高頻度に発生するアミノ酸を含む配列よりも熱安定性及び触媒活性であることから,同データセットを用いて2つの配列を予測する時,この系統発生法はコンセンサス法よりも優れていた(少なくともこのケースにおいて)。Copyright 2011 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *DNAトポイソメラーゼII ,  アミノ酸配列 ,  相同性 ,  系統発生 ,  ATPアーゼ ,  加水分解 ,  系統樹 ,  アミノ酸残基 ,  *サブユニット ,  大腸菌 ,  組換タンパク質 ,  Thermus thermophilus ,  熱安定性 ,  触媒活性 ,  種差 ,  酵素活性度 ,  *化学合成 ,  ATP加水分解 ,  *DNAギラーゼ ,  微生物

分類 (2件)： 化学合成  (EB03030J) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (7件)： アミノ酸配列 ,  DNAギラーゼ ,  サブユニット ,  ATPアーゼ ,  ドメイン ,  系統発生 ,  設計