RNA干渉ポリヌクレオチド混合物の設計方法、RNA干渉ポリヌクレオチド混合物の設計装置、RNA干渉ポリヌクレオチド混合物の作製方法、RNA干渉ポリヌクレオチド混合物の設計プログラム、及びRNA干渉ポリヌクレオチド混合物

発明者： , , ,
出願人/特許権者： , ,
代理人 (2件)：恩田博宣 , 恩田誠
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2005-055064
公開番号（公開出願番号）：特開2006-238724
出願日： 2005年02月28日
公開日（公表日）： 2006年09月14日
要約：

【課題】高いゲノム多様性をもち、頻繁に変異が発生する病原性微生物に対して、広汎かつ高い有効性を有するRNA干渉ポリヌクレオチド混合物を提供する。【解決手段】設計装置20は、HIV-1のゲノム又は転写産物もしくはこれらの特定の部分配列についての配列情報を複数取得し、これに基づいて、標的サイトの塩基配列情報を複数取得し、この標的サイトの塩基配列情報に基づいて、標的サイトに対するsiRNAの塩基配列情報を複数取得する。そして、取得したsiRNAから、HIV-1のゲノム多様性および変異の発生に対応可能な、より好ましい組み合わせを選択する。組み合わせの選択は、siRNAの組み合わせがHIV-1の配列情報のうちのいくつに対してRNA干渉可能かに関する網羅性と、HIV-1の配列情報のうちの一の情報に対しRNA干渉可能なsiRNAが組み合わせのうち幾つあるかに関する重複性と、に基づいて行う。【選択図】図1

請求項（抜粋）：

病原性微生物のゲノム又は転写産物もしくはこれらの特定の部分配列に含まれる標的サイトに対してRNA干渉を生じさせるRNA干渉ポリヌクレオチドを複数種類含むRNA干渉ポリヌクレオチド混合物の設計方法であって、前記病原性微生物のゲノム又は転写産物もしくはこれらの特定の部分配列についての病原性微生物塩基配列情報を複数取得する病原性微生物塩基配列情報取得工程と、取得した前記病原性微生物塩基配列情報に基づいて、前記病原性微生物の前記標的サイトの塩基配列情報を複数取得する標的サイト情報取得工程と、取得した前記標的サイトの複数の塩基配列情報に基づいて、前記標的サイトに対してRNA干渉を生じさせるRNA干渉ポリヌクレオチドの塩基配列情報を複数取得するRNA干渉ポリヌクレオチド情報取得工程と、取得した前記複数のRNA干渉ポリヌクレオチドの塩基配列情報から、前記病原性微生物のゲノム多様性および変異の発生に対応可能なRNA干渉ポリヌクレオチドの組み合わせを選択して、より好ましい組み合わせ情報を取得する組み合わせ選択工程と、を含み、前記組み合わせ選択工程は、 RNA干渉ポリヌクレオチドの組み合わせが、前記病原性微生物塩基配列情報取得工程で取得した複数の前記病原性微生物塩基配列情報のうちのいくつの前記病原性微生物塩基配列情報に対してRNA干渉可能かに関する網羅性と、前記RNA干渉ポリヌクレオチドの組み合わせのうち、前記病原性微生物塩基配列情報のうちの一の情報に対しRNA干渉可能な前記RNA干渉ポリヌクレオチドの塩基配列情報が幾つあるかに関する重複性と、に基づいて、前記RNA干渉ポリヌクレオチドの組み合わせを選択することを特徴とするRNA干渉ポリヌクレオチド混合物の設計方法。

IPC (2件)：

C12N 15/09 , G06F 19/00

FI (2件)：

C12N15/00 A , G06F19/00 600

Fターム (3件)：

4B024AA20 , 4B024CA11 , 4B024HA20

引用特許：

出願人引用 (1件)

国際公開第2004/048566号明細書

引用文献：

出願人引用 (3件)

実験医学, 2005.02.15, Vol.23, No.4(増刊), 107-111
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 2004, Vol.27, p.487
蛋白質核酸酵素, 2004, Vol.49, No.17, p.2662-2670

審査官引用 (3件)

実験医学, 2005.02.15, Vol.23, No.4(増刊), 107-111
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 2004, Vol.27, p.487
蛋白質核酸酵素, 2004, Vol.49, No.17, p.2662-2670

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