特許
J-GLOBAL ID:201103079864705676
耐熱性蛋白質の予測プログラム、及びその記録媒体
発明者:
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出願人/特許権者:
代理人 (1件):
佐伯 憲生
公報種別:特許公報
出願番号(国際出願番号):特願2005-032297
公開番号(公開出願番号):特開2005-293551
特許番号:特許第4490302号
出願日: 2005年02月08日
公開日(公表日): 2005年10月20日
請求項(抜粋):
【請求項1】 コンピューターに以下の各ステップを実行させて、被検定タンパク質が耐熱性を有しているか否かを判別させるためのプログラムであって、
被検定タンパク質のアミノ酸配列を入力するステップ、
被検定タンパク質を産生する生物種とは異なる生物種における既知のタンパク質のなかから、被検定タンパク質を産生する生物種とは異なる生物種が産生する、被検定タンパク質とオーソログの関係にあるタンパク質(以下、対応タンパク質という。)を検索する対応タンパク質検索のステップ、
被検定タンパク質及び対応タンパク質について、アミノ酸組成に基づく主成分分析による固有の分析値をそれぞれ計算するステップ、
前記対応タンパク質の固有の分析値と、前記被検定タンパク質の固有の分析値から、両者の差分を算出するステップ、
前記差分に基づいて、被検定タンパク質が前記対応タンパク質と類似しているか否かを判別するステップ、及び、
前記対応タンパク質、及び前記判別するステップで判別された結果を表示するステップ、
を実行させ、
上記被検定タンパク質及び対応タンパク質について、アミノ酸組成に基づく主成分分析による固有の分析値をそれぞれ計算するステップが、
データベースから取得したゲノムデータから、生物種ごとに平均アミノ酸組成を算出するステップ、
上記算出された生物種ごとの平均アミノ酸組成の行列から、主成分分析により第2主成分の固有ベクトルを算出するステップ、
被検定タンパク質のアミノ酸組成のベクトルと、第2主成分の固有ベクトルから、被検定タンパク質の固有の分析値(耐熱性指標)を、内積として算出するステップ、及び、
対応タンパク質のアミノ酸組成のベクトルと、第2主成分の固有ベクトルから、被検定タンパク質の固有の分析値(耐熱性指標)を、内積として算出するステップ、
を含む、
被検定タンパク質のアミノ酸組成に基づく固有の分析値と、対応タンパク質の固有の分析値とを比較させることによる、被検定タンパク質が耐熱性を有しているか否かを判別させるためのプログラム。
IPC (3件):
G06F 19/00 ( 200 6.01)
, G06F 17/30 ( 200 6.01)
, C12N 9/16 ( 200 6.01)
FI (3件):
G06F 19/00 600
, G06F 17/30 170 F
, C12N 9/16 ZNA
引用特許:
引用文献:
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