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J-GLOBAL ID：201202265723207739   整理番号：12A1242742

多重スケール解像度におけるゲノム景観の形に基づいたアラインメント

Shape-based alignment of genomic landscapes in multi-scale resolution

著者 (6件)： ASHIDA Hiroki (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  ASHIDA Hiroki (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  ASAI Kiyoshi (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  ASAI Kiyoshi (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  HAMADA Michiaki (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  HAMADA Michiaki (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 14  ページ： 6435-6448  発行年： 2012年08月17日 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本報告では,ゲノム景観の間の高い相関を示す局所領域を検出する方法を紹介した。データを一連の記号に変換し,配列アラインメントを行うことにより,ゲノムワイドデータに対するサイズの問題を克服した。ゲノム景観は細胞核において異なるスケールで働く埋込まれて混乱した生物学過程の混合物であるので,景観バンドの振動を異なる周波数帯に分解した。この方法の有用性を証明するため,ヒストン修飾を含むヒトゲノムからの景観にこの手法を応用した。さらに,ヒトにおける20以上のゲノム景観およびマウスにおける12のゲノム景観にこの方法を応用することにより,DNA複製タイミングおよびAlu挿入の密度はヒトおよびマウス両者においてゲノムワイドに相関してことを見出した。

シソーラス用語： *ゲノム ,  *遺伝学実験技術 ,  *アミノ酸配列 ,  細胞核 ,  過程 ,  生物学 ,  周波数帯 ,  化学修飾 ,  ヒストン ,  DNA複製 ,  転移性遺伝要素 ,  反復配列 ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： Alu配列 ,  DNA複製タイミング ,  ヒストン修飾 ,  生物学過程 ,  *配列アラインメント

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  細胞構成体一般  (EF03010Z) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 多重スケール ,  解像度 ,  ゲノム ,  景観 ,  形 ,  アラインメント