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J-GLOBAL ID：201302259643744358   整理番号：13A0579410

PBSIM:PacBioはシミュレータ向正確なゲノムアセンブリを読む

PBSIM: PacBio reads simulator-toward accurate genome assembly

著者 (5件)： ONO Yukiteru (Bioinformatics Co., Ltd., Toshima-ku, Tokyo) ,  ASAI Kiyoshi (Univ. Tokyo, Kashiwa) ,  ASAI Kiyoshi (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  HAMADA Michiaki (Univ. Tokyo, Kashiwa) ,  HAMADA Michiaki (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 1  ページ： 119-121  発行年： 2013年01月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループットシーケンシング法により生成した読みに対しいくつかのシミュレーターが開発されたが,PacBioライブラリーの特異的生成をターゲットとしたものはない。PacBioシーケンサーの連続長い読み(CLR)および環状コンセンサスシーケンシング(CCS)読みの両者をシミュレートするシミュレーターPBSIMを開発した。長さと質スコアを実際の読みセットからサンプリングしたサンプリングに基づくシミュレーションと,モデルに基づいた2種のシミュレーションアプローチを用いた。PBSIMを用い,PacBioの読みに対しいくつかのハイブリッド誤差補正およびアセンブリ試験を行い,少なくとも15のCLR被覆深さと,少なくとも30のCCS被覆深さの組合せで広域のアセンブリ結果を達成できることを示唆した。

シソーラス用語： シミュレーション ,  ヌクレオチド配列 ,  *組立工程 ,  クローン ,  染色体地図 ,  *シミュレータ ,  誤り訂正
準シソーラス用語： アセンブリ工程 ,  *ゲノムアセンブリ ,  コンティグ ,  コンティグマップ作成 ,  誤差補正

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： シミュレータ ,  ゲノムアセンブリ