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J-GLOBAL ID：201402280732928400   整理番号：14A1131053

再構成ブレークポイント読取の参照フリー予測

Reference-free prediction of rearrangement breakpoint reads

著者 (6件)： WIJAYA Edward (Osaka Univ., Osaka) ,  SHIMIZU Kana (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol., Tokyo) ,  ASAI Kiyoshi (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol., Tokyo) ,  ASAI Kiyoshi (Univ. Tokyo, Chiba) ,  HAMADA Michiaki (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol., Tokyo) ,  HAMADA Michiaki (Waseda Univ., Tokyo, JPN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 30  号： 18  ページ： 2559-2567  発行年： 2014年09月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 染色体再構成からのブレークポイントのクラスタを検出するための参照フリー法を提案した。再構成される可能性がある他の集合と次世代シークエンシング正常読取の集合を比較することにより,この方法を行った。今回の方法は,短縮読取の全体比較に対する迅速アルゴリズムおよび隣接読取数の理論解析に基づいている。100xの配列深さを持つデータセットに応用されたとき,この方法は偽陽性読取なしで~88%のブレークポイントを正確に見出した。

シソーラス用語： *染色体異常 ,  *プログラム検証 ,  *データ読取 ,  *ヌクレオチド配列 ,  クラスタ ,  参照 ,  高速アルゴリズム ,  解析 ,  理論 ,  集合 ,  データ
準シソーラス用語： データセット ,  *ブレークポイント【プログラム検証】 ,  *次世代シークエンシング ,  迅速アルゴリズム ,  *染色体再構成 ,  理論解析

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  計算機システム開発  (JD02010R)

タイトルに関連する用語 (5件)： 再構成 ,  ブレークポイント ,  読取 ,  参照 ,  予測