奥田修二郎

オクダシュウジロウ | Okuda Shujiro

所属機関・部署：
職名：教授
ホームページURL (1件)： https://bioinfo.med.niigata-u.ac.jp

研究分野 (5件)：生物物理学 , 生態学、環境学 , 遺伝学 , システムゲノム科学 , ゲノム生物学

研究キーワード (5件)：人工知能 , 癌ゲノミクス , メタゲノミクス , データベース , バイオインフォマティクス

競争的資金等の研究課題 (42件)：

2024 - 2027 精密メタプロテオーム解析を実現する高度情報科学基盤の構築
2023 - 2026 放射線・病理画像テクスチャ解析を用いた肺癌の腫瘍遺伝子変異量予測モデルの開発
2023 - 2026 人工知能による心筋生検の読影を用いた重症心不全の統合的予後推測法の確立
2022 - 2026 人工知能を用いた顔面神経麻痺の客観的主観評価システムの確立
2022 - 2025 腫瘍内細菌叢が引き起こす癌遺伝子異常の同定と変異シグネチャー解析による要因の解明

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論文 (197件)：

Shujiro Okuda, Akiyasu C Yoshizawa, Daiki Kobayashi, Yushi Takahashi, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Atsushi Hatano, Tomoyo Takami, Masaki Matsumoto, Norie Araki, et al. jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data. Nucleic Acids Research. 2024
Yuting Liu, Akiyasu C. Yoshizawa, Yiwei Ling, Shujiro Okuda. Insights into predicting small molecule retention times in liquid chromatography using deep learning. Journal of Cheminformatics. 2024
Hiroshi Ichikawa, Masaki Aizawa, Yosuke Kano, Takaaki Hanyu, Yusuke Muneoka, Sou Hiroi, Hiroto Ueki, Kazuki Moro, Yuki Hirose, Kohei Miura, et al. Landscape of homologous recombination deficiency in gastric cancer and clinical implications for first-line chemotherapy. Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association. 2024
土田純子, 原佳美, 内田遥, 成瀬香菜, 小幡泰生, 大路麻巳子, 諸和樹, 庭野稔之, 山浦久美子, 五十嵐麻由子, et al. トリプルネガティブ乳癌における変異シグネチャーと遺伝子バリアントとの関連. 日本乳癌学会総会プログラム抄録集. 2024. 32回. 79-79
Hiroshi Ichikawa, Kenji Usui, Masaki Aizawa, Yoshifumi Shimada, Yusuke Muneoka, Yosuke Kano, Mika Sugai, Kazuki Moro, Yuki Hirose, Kohei Miura, et al. Clinical application of targeted tumour sequencing tests for detecting ERBB2 amplification and optimizing anti-HER2 therapy in gastric cancer. BMC cancer. 2024. 24. 1. 719-719

MISC (105件)：

高橋悠志, 吉沢明康, 小林大樹, 守屋勇樹, 幡野敦, 高見知代, 松本雅記, 荒木令江, 田畑剛, 田畑剛, et al. JPDMデータ論文のメタデータを用いたjPOSTデータ再解析の加速. 日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集. 2024. 2024 (Web)
網優太, 瀧原速仁, 奥田修二郎, 栗原新. アグマチンおよびオルニチンを添加した培地でプトレッシンを産生するヒト腸内常在菌の探索. 日本ポリアミン学会年会プログラム及び抄録集. 2023. 14th
凌一葦, 永井貴大, 奥田修二郎. バイオインフォマティクスの世界(第16回)やってみようバイオインフォマティクス : エンリッチメント解析編. 医学のあゆみ. 2022. 282. 7・8. 767-774
永井貴大, 凌一葦, 奥田修二郎. バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : RNA-seq解析編-Let's try bioinformatics : RNA-seq analysis. 医学のあゆみ. 2022. 282. 3. 228-235
永井貴大, 凌一葦, 奥田修二郎. バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : SNP解析編-Let's try bioinformatics : SNP analysis. 医学のあゆみ. 2022. 282. 2. 158-168

特許 (1件)：

高頻度変異型癌の判別システム、プログラム及び方法

講演・口頭発表等 (24件)：

Computational Methods for the Interpretation of Clinical MetaOmics Data: from a ‘Bag of Genes’ to Ecosystem Networks and Clinical Markers.
(International Human microbiome Congress 2011)
From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for MetaOmics Analysis.
(Human Microbiome Research Conference 2010)
From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for MetaOmics Analysis.
(Human Microbiome Research Conference 2010)
iPath: Interactive Pathways Explorer.
(ECCB 2010 2010)
Network analysis of adverse drug interactions.
(IBSB 2008 2008)

学歴 (2件)：

2001 - 2006 京都大学理学研究科生物科学専攻
1997 - 2001 立命館大学理工学部生物工学科

経歴 (4件)：

2021/04 - 現在新潟大学医学部メディカルAIセンター教授
2017/04 - 2021/03 新潟大学大学院医歯学総合研究科准教授
2013/02 - 2017/03 新潟大学大学院医歯学総合研究科テニュア・トラック准教授
2008/04 - 2013/01 立命館大学総合理工学院・生命科学部生命情報学科総合理工学院・生命科学部生命情報学科助教

所属学会 (5件)：

日本バイオインフォマティクス学会 , 日本分子生物学会 , International society for computational biology , Human proteome organization , 日本プロテオーム学会

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