研究者
J-GLOBAL ID:200901054853171620   更新日: 2024年04月05日

奥田 修二郎

オクダ シュウジロウ | Okuda Shujiro
所属機関・部署:
職名: 教授
ホームページURL (1件): https://bioinfo.med.niigata-u.ac.jp
研究分野 (5件): 生物物理学 ,  生態学、環境学 ,  遺伝学 ,  システムゲノム科学 ,  ゲノム生物学
研究キーワード (5件): 人工知能 ,  癌ゲノミクス ,  メタゲノミクス ,  データベース ,  バイオインフォマティクス
競争的資金等の研究課題 (40件):
  • 2023 - 2026 放射線・病理画像テクスチャ解析を用いた肺癌の腫瘍遺伝子変異量予測モデルの開発
  • 2023 - 2026 人工知能による心筋生検の読影を用いた重症心不全の統合的予後推測法の確立
  • 2022 - 2026 人工知能を用いた顔面神経麻痺の客観的主観評価システムの確立
  • 2022 - 2025 緑内障による構造と機能の変化はどのように患者のQOLを障害するのか?
  • 2022 - 2025 不均一性の強い胃癌のHER2関連遺伝子異常を高精度に同定可能とする人工知能の開発
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論文 (174件):
  • Kotaro Takahashi, Nozomi Yachida, Ryo Tamura, Sosuke Adachi, Shuhei Kondo, Tatsuya Abé, Hajime Umezu, Hiromi Nyuzuki, Shujiro Okuda, Hirofumi Nakaoka, et al. Clonal origin and genomic diversity in Lynch syndrome-associated endometrial cancer with multiple synchronous tumors: Identification of the pathogenicity of MLH1 p.L582H. Genes, Chromosomes and Cancer. 2024. 63. 3
  • Hikaru Ozeki, Yoshifumi Shimada, Mae Nakano, Shuhei Kondo, Riuko Ohashi, Yamato Miwa, Daisuke Yamai, Akio Matsumoto, Kaoru Abe, Yosuke Tajima, et al. Mucin phenotype and genetic alterations in non-V600E BRAF-mutated colorectal cancer. Human Pathology. 2024
  • Dina Hesham, Jotaro On, Nouran Alshahaby, Nada Amer, Sameh Magdeldin, Masayasu Okada, Yoshihiro Tsukamoto, Tetsuya Hiraishi, Chihaya Imai, Shujiro Okuda, et al. Multi-omics analyses of choroid plexus carcinoma cell lines reveal potential targetable pathways and alterations. Journal of neuro-oncology. 2024. 166. 1. 27-38
  • Amina K Shaban, Gebremichal Gebretsadik, Mariko Hakamata, Hayato Takihara, Erina Inouchi, Akihito Nishiyama, Yuriko Ozeki, Yoshitaka Tateishi, Yukiko Nishiuchi, Takehiro Yamaguchi, et al. Mycobacterial DNA-binding protein 1 is critical for BCG survival in stressful environments and simultaneously regulates gene expression. Scientific reports. 2023. 13. 1. 14157-14157
  • Daisuke Yamai, Yoshifumi Shimada, Masato Nakano, Hikaru Ozeki, Akio Matsumoto, Kaoru Abe, Yosuke Tajima, Mae Nakano, Hiroshi Ichikawa, Jun Sakata, et al. Clinical significance of metastatic tumor deposit foci in rectal cancer in the lateral pelvic lymph node area. International journal of clinical oncology. 2023. 28. 10. 1388-1397
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MISC (103件):
  • 凌 一葦, 永井 貴大, 奥田 修二郎. バイオインフォマティクスの世界(第16回)やってみようバイオインフォマティクス : エンリッチメント解析編. 医学のあゆみ. 2022. 282. 7・8. 767-774
  • 永井 貴大, 凌 一葦, 奥田 修二郎. バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : RNA-seq解析編-Let's try bioinformatics : RNA-seq analysis. 医学のあゆみ. 2022. 282. 3. 228-235
  • 永井 貴大, 凌 一葦, 奥田 修二郎. バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : SNP解析編-Let's try bioinformatics : SNP analysis. 医学のあゆみ. 2022. 282. 2. 158-168
  • 白澤秀斗, 西山知里, 平野里佳, 平野里佳, 小柳喬, 奥田修二郎, 高木宏樹, 栗原新. 発酵食品に由来するポリアミン高産生菌Staphylococcus epidermidis FB146のポリアミン関連遺伝子の同定. 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web). 2022. 2022
  • 三浦信明, 石濱泰, 奥田修二郎, 奥田修二郎. メタプロテオミクスを強力に支援するタンパク質配列データベース構築法の研究-近縁種のゲノム情報活用による未知生物のアミノ酸配列予測-. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021. 44th
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特許 (1件):
  • 高頻度変異型癌の判別システム、プログラム及び方法
講演・口頭発表等 (24件):
  • Computational Methods for the Interpretation of Clinical Meta­Omics Data: from a ‘Bag of Genes’ to Ecosystem Networks and Clinical Markers.
    (International Human microbiome Congress 2011)
  • From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for Meta­Omics Analysis.
    (Human Microbiome Research Conference 2010)
  • From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for Meta­Omics Analysis.
    (Human Microbiome Research Conference 2010)
  • iPath: Interactive Pathways Explorer.
    (ECCB 2010 2010)
  • Network analysis of adverse drug interactions.
    (IBSB 2008 2008)
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学歴 (2件):
  • 2001 - 2006 京都大学 理学研究科 生物科学専攻
  • 1997 - 2001 立命館大学 理工学部 生物工学科
経歴 (4件):
  • 2021/04 - 現在 新潟大学医学部メディカルAIセンター 教授
  • 2017/04 - 2021/03 新潟大学大学院医歯学総合研究科 准教授
  • 2013/02 - 2017/03 新潟大学大学院医歯学総合研究科 テニュア・トラック准教授
  • 2008/04 - 2013/01 立命館大学 総合理工学院・生命科学部 生命情報学科 総合理工学院・生命科学部 生命情報学科 助教
所属学会 (5件):
日本バイオインフォマティクス学会 ,  日本分子生物学会 ,  International society for computational biology ,  Human proteome organization ,  日本プロテオーム学会
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