- 2016 - 2019 アロステリック薬設計にむけた網羅的サンプリング
- 2016 - 2019 細胞膜との相互作用によって制御される細胞内シグナル伝達の分子メカニズム
- 2011 - 2015 タンパク質複合体形成過程の分子シミュレーションによる遭遇複合体の役割の解明
- 2009 - 2010 タンパク質側鎖の平衡揺らぎと基質結合に伴う応答的運動
- 2008 - 2010 タンパク質立体構造情報からの基質結合→構造変化の因果関係を明らかにする
- 2007 - 2008 分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- 2003 - 2007 分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明
- 2005 - 2006 分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- 2002 - 2006 P型イオンポンプによる能動輪送機構の構造的解明
- 2001 - 2004 タンパク質複合体の立体構造と機能の予測
- 2001 - 2004 水チャネルの選択性とその制御機構の解明
- 2000 - 2004 タンパク質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析
- 2000 - 2004 チャネル蛋白相互作用の分子構造基盤
- 2002 - 2003 タンパク質における分子内振動エネルギー移動の研究
- 2000 - 2002 タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)
- 2001 - 2001 蛋白質フォールディング研究の企画調査
- 1999 - 2001 蛋白質中の化学反応はどのように構造変化を引き起こすエネルギーに変換されるか
- 2000 - 2000 Free-R因子を上げずにより詳細な蛋白質モデルを構築するための結晶構造精密化法
- 1999 - 1999 プロテオーム時代の計算情報生物学
- 1997 - 1999 タンパク質電子線結晶構造解析用プログラムシステムの開発
- 1995 - 1999 タンパク質立体構造の構築原理研究の総括
- 1995 - 1999 タンパク質立体構造の比較・予測・デザイン
- 1997 - 1998 低温X線結晶構造解析によるタンパク質のガラス転移に関する研究
- 1995 - 1998 タンパク質立体構造の安定性・ダイナミックス・折れたたみ機構
- タンパク質立体構造に関する理論的研究
- Theoretical Study of Protein Structure
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