哺乳類細胞における調節されたレトロトランスポゾントランスクリプトーム

FAULKNER Geoffrey J; KIMURA Yasumasa; DAUB Carsten O; WANI Shivangi; PLESSY Charles; IRVINE Katharine M; SCHRODER Kate; CLOONAN Nicole; STEPTOE Anita L; LASSMANN Timo; WAKI Kazunori; HORNIG Nadine; HORNIG Nadine; ARAKAWA Takahiro; TAKAHASHI Hazuki; KAWAI Jun; FORREST Alistair R R; FORREST Alistair R R; SUZUKI Harukazu; HAYASHIZAKI Yoshihide; HUME David A; ORLANDO Valerio; ORLANDO Valerio; GRIMMOND Sean M; CARNINCI Piero

文献

J-GLOBAL ID：200902268868347303 整理番号：09A0456087

哺乳類細胞における調節されたレトロトランスポゾントランスクリプトーム

The regulated retrotransposon transcriptome of mammalian cells

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資料名：
巻： 41 号： 5 ページ： 563-571 発行年： 2009年05月
JST資料番号： W0430A ISSN： 1061-4036 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

反復配列は哺乳類のゲノムの多くの部分を占めるが,それらが結局転写活性にどのように関与しているかはほとんどわかっていない。我々は,FANTOM4プロジェクトの一部として,キャップによって選択されたマウスとヒトの転写産物のうち6~30%が,反復配列の中から開始していることを報告する。約250,000のレトロトランスポゾン由来の開始点の解析から,それにともなう転写産物は一般的に組織特異的であり,遺伝子が密な領域と一致しており,完全長のレトロトランスポゾン配列とアライメントした際に,顕著にクラスターを形成することがわかった。タンパク質をコードする座位の5’側のすぐ隣に位置するレトロトランスポゾンは,選択的プロモーターとして機能し,また(あるいは)非コードRNAを発現することが多い。RefSeqの4分の1を超えるものがその3’UTRにレトロトランスポゾンを有しており,これらの転写産物はレトロトランスポゾンをもたない転写産物と比較して発現が抑制されているということを強く支持する証拠が見つかった。また,ゲノムワイドスクリーニングによって,2,000を超える両方向性の転写に加えて,23,000の候補調節領域がレトロトランスポゾン由来であることがわかった。我々は,レトロトランスポゾンの転写は哺乳類ゲノムの転写に重要な影響を与えていると結論づける。Copyright Nature Publishing Group 2009

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遺伝子発現

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