ヒトの細胞種と組織全体にわたる活性化エンハンサーアトラス

ANDERSSON Robin; HOOF Ilka; BORNHOLDT Jette; BOYD Mette; CHEN Yun; ZHAO Xiaobei; VALEN Eivind; LI Kang; LILJE Berit; RAPIN Nicolas; BAGGER Frederik Otzen; JORGENSEN Mette; SANDELIN Albin; GEBHARD Claudia; SCHMIDL Christian; SCHWARZFISCHER Lucia; GLATZ Dagmar; RAITHEL Johanna; REHLI Michael; GEBHARD Claudia; REHLI Michael; MIGUEL-ESCALADA Irene; MUELLER Ferenc; ZHAO Xiaobei; SUZUKI Takahiro; ARNER Erik; BERTIN Nicolas; RACKHAM Owen; BURROUGHS A. Maxwell; ISHIZU Yuri; SHIMIZU Yuri; FURUHATA Erina; MAEDA Shiori; NEGISHI Yutaka; LASSMANN Timo; ITOH Masayoshi; KAWAJI Hideya; KONDO Naoto; KAWAI Jun; DAUB Carsten O.

文献

J-GLOBAL ID：201402230098400688 整理番号：14A0402133

ヒトの細胞種と組織全体にわたる活性化エンハンサーアトラス

An atlas of active enhancers across human cell types and tissues

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資料名：
巻： 507 号： 7493 ページ： 455-461 発行年： 2014年03月27日
JST資料番号： D0193B ISSN： 0028-0836 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

エンハンサーは,多細胞真核生物において,時間的,かつ細胞種特異的な遺伝子発現の活性化を正確に制御している。その特性や調節活性および標的を知ることは,分化と恒常性の調節を理解する上で,非常に重要である。本研究では,主要なヒトの組織と細胞種を網羅したFANTOM5パネルを用い,in vivoで転写される活性化したエンハンサーのアトラスを作製した。我々は,エンハンサーには,CpGの少ないメッセンジャーRNAプロモーターと共通した特性があるが,エンハンサーは両方向性でエキソソーム感受性の,スプライシングされない比較的短いRNAを産生しており,これらの産生がエンハンサー活性と強く関連することを示す。このアトラスを用いて,さまざまな細胞間での調節プログラムをこれまでにない深度で比較し,疾患関連の調節性一塩基多型を同定し,細胞タイプ特異的と普遍的なエンハンサーの分類を行った。さらに,エンハンサーが持つ冗長性の役割について探索したところ,この冗長性は発現パターンではなく,遺伝子発現の強さを説明するものだと分かった。オンラインで公開されたFANTOM5エンハンサーアトラスは,細胞種特異的なエンハンサーや遺伝子調節について,独自の研究リソースを提供するものである。Copyright Nature Publishing Group 2014

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分子遺伝学一般 , 細胞生理一般

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