プロモーターレベルでの哺乳類発現アトラス

FORREST Alistair R. R.; KAWAJI Hideya; DE HOON Michiel J. L.; LASSMANN Timo; LIZIO Marina; ITOH Masayoshi; BERTIN Nicolas; ARNER Erik; PLESSY Charles; VITEZIC Morana; SEVERIN Jessica; ISHIZU Yuri; ARAKAWA Takahiro; BONETTI Alessandro; BURROUGHS A. Maxwell; FUKUDA Shiro; FURUNO Masaaki; HARBERS Matthias; HARSHBARGER Jayson; HASEGAWA Akira; HASEGAWA Yuki; HASHIMOTO Takehiro; HORI Fumi; KACZKOWSKI Bogumil; KAIDA Kaoru; KAIHO Ai; KAJIYAMA Kazuhiro; KANAMORI-KATAYAMA Mutsumi; KATAYAMA Shintaro; KATO Sachi; KAWASHIMA Tsugumi; KOJIMA Miki; KONDO Naoto; KUBOSAKI Atsutaka; KWON Andrew T.; MANABE Ri-ichiroh; MOTAKIS Efthymios; MURATA Mitsuyoshi; NAGAO-SATO Sayaka; NAKAZATO Kenichi

文献

J-GLOBAL ID：201402275043578678 整理番号：14A0402134

プロモーターレベルでの哺乳類発現アトラス

A promoter-level mammalian expression atlas

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資料名：
巻： 507 号： 7493 ページ： 462-470 発行年： 2014年03月27日
JST資料番号： D0193B ISSN： 0028-0836 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

哺乳類の個体を構成する数百種類の細胞の多様性,発生経路および空間的構成は,転写の調節によって制御される。本論文では,1分子レベルでのcDNA塩基配列解読(1分子CAGEシーケンス)を用いて,ヒトおよびマウスの初代培養細胞,細胞株および組織において転写開始部位(TSS)およびその発現量をマップし,ヒトの体全体にわたる哺乳類遺伝子発現についての系統的な地図を作製した。この中で,真に「ハウスキーピング」に関わっている遺伝子はわずかである一方,多くの哺乳類のプロモーターは,独立した細胞種特異的発現プロファイルを持つ数個の近接した個別のTSSで構成される複合的な領域であることを見いだした。細胞種特異的なTSSはおのおの異なる速度で進化しているが,一方,広範な組織で発現している遺伝子のプロモーターは高度に保存されている。プロモーターに基づく発現解析は,細胞の状態を規定する主要な転写因子を明らかにし,それらの転写因子と結合部位モチーフを関連付けている。同定された新規転写産物の機能は,共発現解析およびオントロジーエンリッチメント解析により予測できる。FANTOM5(functional annotation of the mammalian genome 5)プロジェクトが示した哺乳類の細胞種特異的なトランスクリプトームの包括的な発現プロファイルおよび機能アノテーションは,生物医学研究に広範囲に応用可能である。Copyright Nature Publishing Group 2014

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動物生理一般 , 遺伝子発現 , 細胞生理一般

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