Rchr
J-GLOBAL ID:200901020603956094
Update date: Mar. 21, 2024
Nakamura Shota
ナカムラ ショウタ | Nakamura Shota
Affiliation and department:
Job title:
Associate Professor
Research field (5):
Genomics
, Structural biochemistry
, Bacteriology
, Infectious disease
, Hygiene and public health (laboratory)
Research keywords (5):
Genomics
, Metagenomics
, バイオインフォマティクス
, 構造生物学
, Microbiome
Research theme for competitive and other funds (22):
- 2023 - 2026 腸内細菌叢によるアンドロゲンシグナル経路を介した去勢抵抗性前立腺癌進展機序の解明
- 2022 - 2026 遺伝的素因、生活習慣、腸内細菌叢の多面的解析に基づく前立腺癌の早期診断戦略の構築
- 2020 - 2023 Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia
- 2020 - 2023 病原微生物のその場メタゲノミックタイピング手法の研究開発
- 2017 - 2020 Molecular epidemiology study of the colistin-resistant bacteria dissemination in Vietnam
- 2016 - 2019 The prediction of the clinical records for infectious diseases by tracking the diversity of Immuoglobulin gene mutation
- 2016 - 2019 Small-scale Parallel Computing Platform for In-house Metagenomic Detection System
- 2015 - 2018 Analysis on the pathogenesis of inflammatory bowel diseases
- 2014 - 2018 Studies to search for the process from the birth of AIDS virus in the heart of African continent to its pandemic transmission route to the whole world
- 2015 - 2017 Analysis of human intestinal microbiota
- 2013 - 2016 Impact of the rate of mutations on the norovirus epidemiology
- 2012 - 2016 Research of history of host-parasite relationships between pathogens and Asian primates
- 2013 - 2015 New hypothesis for the pathogenesis of periodontal medicine
- 2013 - 2015 Development of diagnostic method for comprehensive viral detection using not so random primer sets
- 2012 - 2014 Analysis of the unknown virus isolated from a patient with persistent high fever by using a mosquito cell line.
- 2011 - 2014 Metagenomic research of virus infections in human clinical specimens by high-throughput DNA sequencing in Thailand
- 2010 - 2014 A study to solve the mystery of AIDS pandemic by expeditions into the most remote areas in the Congo basin.
- 2012 - 2012 Use of peptide nucleic acid probes for pathogen-targeted metagenomics
- 2010 - 2012 Establishment of producing method for detection antibody for primate using DNA immunization technology
- 2011 - 2011 Integration of cell sorting with metagenomic diagnosis system
- 2011 - 2011 Establishment of an experimental model system for a highly accelerated evolution using mutator malaria parasites generated by the disparity mutagenesis
- 2007 - 2009 Structural study on 3α-hydroxysteroid dehydrogenases
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Papers (302):
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Kentaro Shimizu, Haruhiko Hirata, Natsuko Tokuhira, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Akiko Ueda, Jotaro Tachino, Moe Koide, Akinori Uchiyama, Hiroshi Ogura, et al. Dysbiosis of gut microbiota in patients with severe COVID-19. Acute medicine & surgery. 2024. 11. 1. e923
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Takahiro Yamaguchi, Masaharu Yokota, Michio Jinnai, Doan Tran Nguyen Minh, Oanh Nguyen Hoang, Hien Le Thi, Phong Ngo Thanh, Phuong Hoang Hoai, Phuc Nguyen Do, Chinh Dang Van, et al. Detection of chromosome-mediated blaNDM-1-carrying Aeromonas spp. in the intestinal contents of fresh water river fish in Ho Chi Minh City, Vietnam. Marine pollution bulletin. 2024. 198. 115812-115812
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Li Liu, Takayoshi Ito, Bo Li, Haruka Tani, Daisuke Okuzaki, Daisuke Motooka, Hazuki Miyazaki, Takayuki Ogino, Shota Nakamura, Kiyoshi Takeda, et al. The UDP-glucose/P2Y14 receptor axis promotes eosinophil-dependent large intestinal inflammation. International immunology. 2023
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Kotaro Yamada, Takafumi Koyauchi, Koshi Yokomura, Taiga Fujita, Hiroki Sugiyama, Ryo Shimota, Nobuhiro Shimura, Yuki Matsumoto, Shota Nakamura, Kinuyo Chikamatsu, et al. Non-tuberculosis Mycobacterial Pulmonary Disease Caused by Mycobacterium kiyosense, a New Species. Internal medicine (Tokyo, Japan). 2023
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Yoshihiko Tomofuji, Toshihiro Kishikawa, Kyuto Sonehara, Yuichi Maeda, Kotaro Ogawa, Shuhei Kawabata, Eri Oguro-Igashira, Tatsusada Okuno, Takuro Nii, Makoto Kinoshita, et al. Analysis of gut microbiome, host genetics, and plasma metabolites reveals gut microbiome-host interactions in the Japanese population. Cell reports. 2023. 113324-113324
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MISC (60):
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岡田紘一, 竹澤健太郎, 小山佳久, 元岡大祐, 中村昇太, 辻村剛, 今中岳洋, 栗林宗平, 福原慎一郎, 木内寛, et al. 前立腺腫大は前立腺細菌叢と関連するか:前立腺細菌叢のプロファイリング. 日本排尿機能学会誌(Web). 2022. 33. 1. 208-208
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清水健太郎, 平田陽彦, 徳平夏子, 上田安希子, 元岡大祐, 中村昇太, 小倉裕司. A case of refractory massive diarrhea in a patient with COVID-19. 日本救急医学会雑誌. 2022. 33. 1
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安部祐子, 安部祐子, 福島清春, 福島清春, 福島清春, 松本悠希, 新津敬之, 新津敬之, 新居卓朗, 木庭太郎, et al. リアルタイムコアゲノム解析による非結核性抗酸菌症の迅速・高精度同定法の確立および臨床応用. 日本サルコイドーシス/肉芽腫性疾患学会雑誌. 2021. 41
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安木 真世, 鳩谷 晋吾, 元岡 大祐, 島村 俊介, 谷 浩行, 古家 優, 三重 慧一郎, 三宅 眞実, 中村 昇太, 嶋田 照雅. 臨床試料とペットの大便における抗菌薬耐性菌(Antimicrobial-resistant bacteria in clinical specimens and feces of companion animals). 日本細菌学雑誌. 2019. 74. 1. 134-134
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浦山俊一, 浦山俊一, 浦山俊一, 田村友和, 泉琢磨, 中村昇太, 元岡大祐, 吉住朋晴, 平井美穂, 高木善弘, et al. 高効率な非レトロRNAウイルス網羅探索手法FLDSのヒト臓器への適用. 日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web). 2019. 67th
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Books (8):
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非結核性抗酸菌症の血清診断について
"Insmed合同会社 第95回日本感染症学会学術講演会 第69回日本化学療法学会総会 記録集" 2021
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次世代シーケンス技術の現状と今後-2020
公益社団法人 日本生物工学会 2021
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Structual basis of type IVb pilus-mediated bacterial adhesion to the intestinal epithelium
Spring-8 SACLA Research Frontiers 2019
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抗生物質の「先」の薬を目指す
神戸新聞総合出版センター 2018 ISBN:9784343010018
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ウイルス検出のためのNGS解析のデザインと運用
PHARM TECH JAPAN 2018
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Lectures and oral presentations (109):
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メタゲノム解析による環境微生物探索
(第151 回関西実験動物研究会 2023)
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Automated Analysis Pipeline for Nanopore Sequencing ー Identification of Non-Tuberculous Mycobacteria
(National Institute of Cholera and Enteric Diseases (NICED) Seminar 2023)
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非結核性抗酸菌の迅速その場同定
(第6回抗酸菌研究会 2022)
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腸内細菌がIVb型線毛システム依存的に分泌するタンパク質の特徴
(第45回分子生物学会 2022)
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コレラ菌のTCPを介した定着因子TcpFの輸送機構
(第54回ビブリオシンポジウム 2022)
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Education (3):
- - 2006 Osaka University Graduate School of Pharmaceutical Sciences
- - 2003 Osaka University Graduate School of Pharmaceutical Sciences
- - 2001 Hiroshima University Faculty of Science Department of Chemistry
Work history (4):
- 2023/01 - 現在 Osaka University Department of Infection Metagenomics, Research Institute for Microbial Diseases Associate Professor
- 2016/04 - 2022/12 大阪大学微生物病研究所 感染症国際研究センター 病原体同定研究グループ 特任准教授(常勤)
- 2011 - 2016 大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野 助教
- 2006 - 2011 大阪大学微生物病研究所 日本・タイ感染症共同研究センター バイオインフォマティクス部門 特任助教(常勤)
Awards (2):
- 2020/09 - 科学技術振興機構及び新エネルギー産業技術総合開発機構 大学発ベンチャー表彰2020 文部科学大臣賞 次世代シーケンシングによる腸内細菌DNAの迅速解析法の確立
- 2014/07 - Osaka University Osaka University President Encouragement Award
Association Membership(s) (5):
The Crystallographic Society of Japan
, 日本結核・非結核性抗酸菌症学会
, 日本分子生物学会
, 日本ウイルス学会
, 日本細菌学会
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