- 2014 - 2018 植物時計のリセット機構の解明とこれを基盤とした成長制御への応用展開
- 2011 - 2014 植物時計の進化と多様性の包括的理解
- 2011 - 2013 茎頂及び根端メリステムの形成・維持・分化における二成分情報伝達系の役割
- 2009 - 2010 植物時計システムによる個体統御機構の解析
- 2008 - 2009 植物の環境適応分化型の個体統御機構を支えるホルモン・光情報伝達システムの解析
- 2004 - 2008 微生物型情報伝達機構・二成分制御系の普遍的体系化
- 2006 - 2007 植物概日時計の分子実体の解明
- 2000 - 2005 多様な生物におけるHis・Aspリン酸リレー型シグナル伝達の普遍的分子機構
- 2002 - 2003 メリステム形成と分化を制御する「場」及び「時」の情報伝達分子機構
- 2000 - 2003 菌体外分泌蛋白を用いた疫学解析法の開発
- 2000 - 2002 腸管出血性大腸菌O157の酸耐性機構の解析
- 1999 - 2001 劇症型A群レンサ球菌感染症に関係する病原因子の解析
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