Baba Tomoya

ババトモヤ | Baba Tomoya

Affiliation and department：
Other affiliations (1)：

National Institute of Genetics Advanced Genomics Center

Homepage URL (1)： https://www.researchgate.net/profile/Tomoya_Baba2

Research field (4)： Biodiversity and systematics , Molecular biology , Systems genomics , Genomics

Research keywords (20)： horizontal transfer , 耐冷性 , 進化 , 北極 , 細菌 , 微生物 , 環境適応 , 代謝 , 好冷性 , 南極 , 大腸菌 , システム生物学 , ゲノム工学 , ゲノム生物学 , Psychrophilic Bacteria , Antarctic Environment , E. coli , Systems Biology , Genome Technology , Genome Biology

Research theme for competitive and other funds (17)：

2023 - 2025 酵素のナノ空間固定による長期安定保管と高ロバスト反応の可能性検証
2020 - 2021 新型コロナウイルス等感染症の精確な検査を可能にする極微量RNAの超高感度増幅検出技術(RT-PCR法)の開発
2016 - 2019 1分子からのDNA増幅を可能にする酵素のナノ空間への精密配置
2015 - 2019 遺伝子の水平伝播ワールドにおける細菌分類の指標探索
2012 - 2017 東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析

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Papers (63)：

Yuh Shiwa, Tomoya Baba, Maria A. Sierra, JangKeun Kim, Christopher E. Mason, Haruo Suzuki. Evaluation of rRNA depletion methods for capturing the RNA virome from environmental surfaces. BMC Research Notes. 2023. 16. 1
Shun-ichi Matsuura, Tomoya Baba, Takuji Ikeda, Katsutoshi Yamamoto, Tatsuo Tsunoda, Aritomo Yamaguchi. Highly Precise and Sensitive Polymerase Chain Reaction Using Mesoporous Silica-Immobilized Enzymes. ACS Applied Materials & Interfaces. 2022. 14. 26. 29483-29490
Tomoya BABA, Shigeyuki KAKIZAWA, Hiroshi MORI, Yutetsu KURUMA, Ken KUROKAWA, Taku OSHIMA. Minimal Genomes: How Many Genes Does a Cell Require To Be Viable. Journal of Geography (Chigaku Zasshi). 2020. 129. 6. 805-824
Takashi Abe, Yu Akazawa, Atsushi Toyoda, Hironori Niki, Tomoya Baba. Batch-Learning Self-Organizing Map Identifies Horizontal Gene Transfer Candidates and Their Origins in Entire Genomes. Frontiers in Microbiology. 2020. 11. July. Article-1486
Koichi Higashi, Yoshikazu Kawai, Tomoya Baba, Ken Kurokawa, Taku Oshima. Essential cellular modules for the proliferation of the primitive cell. Geoscience Frontiers. 2018. 9. 4. 1155-1161

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MISC (75)：

松浦俊一, 馬場知哉, 千葉真奈美, 角田達朗, 山口有朋. ナノ空間反応場を利用した1分子DNA増幅システムの構築. 第68回日本生物工学会大会トピックス集. 2016. 9-10
A Domain-Specific Language in Scala for the Analysis of Metabolic Pathways. 2015. 32. 8p
Predicting Gene Knockout Effects on E. coli by Minimal Active Pathway Enumeration. 2012. 2012. 7. 1-6
Nakai Ryosuke, Abe Takashi, Baba Tomoya, Imura Satoshi, Kagoshima Hiroshi, Kanda Hiroshi, Kohara Yuji, Niki Hironori, Yanagihara Katsuhiko, Naganuma Takeshi. PF-01 Microfloral association for nitrogen cycling in an Antarctic moss pillar inferred from phylogenetic and isotopic analyses(PF Natural material cycle/geomicrobiology,Poster session). 2012. 28. 157-157
Takehide Soh, Katsumi Inoue, Tomoya Baba, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi. Predicting Gene Knockout Effects by Minimal Pathway Enumeration. International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies. 2012. 4. 11-19

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Patents (3)：

高感度・高精度RT-PCR法
極微量核酸の増幅方法
DNA合成酵素-シリカ系ナノ空孔材料複合体、その製造方法及び用途

Books (6)：

遺伝子図鑑
悠書館 2013
微生物資源国際戦略ガイドブック
サイエンスフォーラム 2009
植物ゲノム科学辞典
朝倉書店 2009
イネゲノム配列解読で何ができるのか
農文協 2004
ゲノミクス・プロテオミクスの新展開
エヌ・ティー・エス 2004

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Lectures and oral presentations (78)：

Investigation of experimental procedures for detecting SARS-CoV-2 from airborne low-density RNA samples
(International Symposium on Data Science (DSWS-2023) 2023)
Evaluation of rRNA depletion methods for capturing the RNA virome from environmental surfaces
(2023)
メソポーラスシリカ固定化DNA増幅酵素を用いて調製した環境表面RNAライブラリーの評価
(第46回日本分子生物学会年会 2023)
PCR阻害耐性に優れた超安定化DNA増幅酵素の開発と極微量ウイルスRNA検出への応用
(第46回日本分子生物学会年会 2023)
南極由来Rhodoferax属細菌のゲノム比較による水平伝播遺伝子の探索
(第45回日本分子生物学会年会 2022)

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Education (2)：

1991 - 1994 Kobe University Graduate School of Science and Technology
1989 - 1991 Kobe University Graduate School of Agricultural Science

Professional career (1)：

博士(学術) (神戸大学大学院自然科学研究科)

Work history (11)：

2016/08 - 現在 National Institute of Genetics Advanced Genomics Center
2016/08 - 現在 Research Organization of Information and Systems
2016/04 - 2016/07 Research Organization of Information and Systems
2007/05 - 2016/03 Research Organization of Information and Systems
2005/05 - 2007/04 Nara Institute of Science and Technology Graduate School of Biological Sciences

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Committee career (1)：

2019/04 - 現在文部科学省科学技術・学術政策研究所(NISTEP) 専門調査員

Awards (1)：

2006/11 - The 3rd International E. coli Alliance Conference on Systems Biology Best Paper Award

Association Membership(s) (4)：

SOCIETY OF EVOLUTIONARY STUDIES, JAPAN , 日本ゲノム微生物学会 , 日本農芸化学会 , 日本分子生物学会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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