OKI Shinya

オキシンヤ | OKI Shinya

Affiliation and department：
Job title： Professor
Homepage URL (1)： https://oki-lab.jp

Research field (2)： Biological, health, and medical informatics , Developmental biology

Research keywords (8)： Photo-Isolation Chemistry , 創薬医学 , Bioinformatics , マウス初期発生 , 発生・分化 , 多分化能 , 再生医学 , シグナル伝達

Research theme for competitive and other funds (21)：

2023 - 2028 Dynamic reproductive lifespan: Life-long changes and fluctuations in germ cell function and risk for next generation
2023 - 2025 微小領域に限定した高深度オミクス技術による催奇形性因子の作用機序解析
2022 - 2025 ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明
2020 - 2023 植物細胞壁S2層形成の制御メカニズム
2019 - 2023 位置情報レコーディングによる多細胞システム解析

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Papers (43)：

Mengying Cui, Koji Yamano, Kenichi Yamamoto, Hitomi Yamamoto-Imoto, Satoshi Minami, Takeshi Yamamoto, Sho Matsui, Tatsuya Kaminishi, Takayuki Shima, Monami Ogura, et al. HKDC1, a target of TFEB, is essential to maintain both mitochondrial and lysosomal homeostasis, preventing cellular senescence. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2024. 121. 2
Zhaonan Zou, Yuka Yoshimura, Yoshihiro Yamanishi, Shinya Oki. Elucidating disease-associated mechanisms triggered by pollutants via the epigenetic landscape using large-scale ChIP-Seq data. Epigenetics & Chromatin. 2023. 16. 1. 34
Kazuo Miyazawa, Kaoru Ito, Masamichi Ito, Zhaonan Zou, Masayuki Kubota, Seitaro Nomura, Hiroshi Matsunaga, Satoshi Koyama, Hirotaka Ieki, Masato Akiyama, et al. Cross-ancestry genome-wide analysis of atrial fibrillation unveils disease biology and enables cardioembolic risk prediction. Nature Genetics. 2023
Zhaonan Zou, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi, Shinya Oki. Epigenetic landscape of drug responses revealed through large-scale ChIP-seq data analyses. BMC Bioinformatics. 2022. 23. 1. 51-51
Michio Iwata, Keisuke Kosai, Yuya Ono, Shinya Oki, Koshi Mimori, Yoshihiro Yamanishi. Regulome-based characterization of drug activity across the human diseasome. npj Systems Biology and Applications. 2022. 8. 1. 44-44

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MISC (6)：

Zhaonan Zou, Shinya Oki. ChIP-Atlas: A Guide to Traveling Transcriptional Regulatory Landscape. JSBi Bioinformatics Review. 2023. 4. 1. 1-9
ZOU Zhaonan, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥. Elucidating the modes of action by identification of transcription factors organizing chemically perturbed genes through large-scale ChIP-seq data. 日本薬学会年会要旨集(Web). 2021. 141st
岩田通夫, 沖真弥, 山西芳裕. 多層オミクス解析による遺伝子発現機構のディジーゾーム解析と治療薬探索. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕. パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
鄒兆南, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥. 遺伝子発現制御に着目した薬剤摂動トランスクリプトームと大規模ChIP-seqデータの統合解析による薬剤作用ターゲット探索. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd

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Patents (2)：

核酸断片及びその使用
オリゴヌクレオチド、オミクス解析方法及びオミクス解析用キット

Books (12)：

空間トランスクリプトミクス
生物工学会誌 2022
Photo-Isolation Chemistry: PIC法を用いた微小細胞集団での遺伝子発現解析
月刊「細胞」 2022
光単離化学による高深度かつ高解像度トランスクリプトーム解析
生物物理 2022
ChIP-Atlas
Practical Guide to Life Science Databases 2021
概論-空間トランスクリプトーム技術の最前線
実験医学 2021

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Lectures and oral presentations (123)：

空間的な遺伝子発現制御のしくみを探る
(学術変革領域研究(A)適応回路センサス第3回領域会議 2023)
エピゲノム統合データベース、ChIP-Atlas の使い方と使われ方
(第16回日本エピジェネティクス研究会年会 2023)
バイオのための情報学・ことはじめ
(ACT-X「生命と化学」主催:第 1 回研究者交流会議 2023)
Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with tissue sections
(2023)
光単離化学(PIC)による局所的トランスクリプトーム解析
(第100回日本生理学会大会 2023)

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Works (2)：

ChIP-Atlas
Shinya Oki 2015 -
SraTailor
沖真弥 2014 -

Education (3)：

2002 - 2007 Osaka University
2000 - 2002 Osaka University
1996 - 2000 Osaka University School of Engineering

Professional career (1)：

博士(医学) (大阪大学)

Work history (7)：

2024/04 - 現在 Kumamoto University Institute of Resource Development and Analysis Professor
2023/10 - 2024/03 Kumamoto University Institute of Resource Development and Analysis
2020/04 - 2024/03 京都大学大学院医学研究科創薬医学講座特定准教授
2019/10 - 2023/03 科学技術振興機構(JST) さきがけ研究員
2019/02 - 2020/03 九州大学大学院医学研究院講師

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Committee career (4)：

2018/04 - 現在日本メディカルAI学会評議委員
2022/04 - 2024/03 日本バイオインフォマティクス学会理事
2020/04 - 2021/03 文部科学省科学技術・学術政策研究所(NISTEP) 専門調査員
2020/04 - 2020/09 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020) プログラム委員

Association Membership(s) (4)：

Japanese Association for Medical Artificial Intelligence , JAPANESE SOCIETY OF DEVELOPMENTAL BIOLOGISTS , THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN , 日本バイオインフォマティクス学会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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