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J-GLOBAL ID：201702228930316718   Reference number：17A0177619

Method for High-precision Motif Extraction Based on Gibbs Sampler in Amino Acid Sequences

ギブスサンプラに基づくアミノ酸配列モチーフの高精度抽出法

Author (5)： TAKAHASHI YOSHIFUMI (広島市大 大学院情報科学研究科) ,  KITAKAMI HAJIME (広島市大 大学院情報科学研究科) ,  FUKUMOTO SHOHEI (広島市大 大学院情報科学研究科) ,  MORI YASUMA (広島市大 大学院情報科学研究科) ,  TAMURA KEIICHI (広島市大 大学院情報科学研究科)
Material： 情報処理学会論文誌トランザクション 数理モデル化と応用(Web)  (情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用(Web))
Volume： 9  Issue： 3  Page： 32-43 (WEB ONLY)  Publication year： Dec. 14, 2016 
JST Material Number： U0475A  ISSN： 1882-7780  Document type： Article
Article type： 原著論文  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： *Amino Acid Sequence ,...
Semi thesaurus term： *サンプリング法 ,...

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JST classification (1)： Molecular and genetic information processing  (JE15040B)

Reference (50)：

• Lawrence, C.E., Altscul, S.F., Boguski, M.S., Liu, J.S., Neuwald, A.F. and Wootton, J.C.: Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment, Science, Vol.262, No.513, pp.208-214 (1993).
• Liu, L.-f. and Jiao, L.-c.: A Greedy Two-stage Gibbs Sampling Method for Motif Discovery in Biological Sequences, Journal of Information Science and Engineering, Vol.26, pp.2309-2318 (2010).
• Thompson, W., Rouchka, E.C. and Lawrence, C.E.: Gibbs Recursive Sampler: Finding transcription factor binding sites, Nucleic Acids Research, Vol.31, Issue 13, pp.3580-3585 (2003).
• The Gibbs Motif Sampler Homepage, available from http://ccmbweb.ccv.brown.edu/gibbs/gibbs.html
• Laskowski, R.A.: SURFNET: A program for visualizing molecular surfaces, cavities and intermolecular interactions, Journal of Molecular Graphics, Vol.13, Issue 5, pp.323-330 (Oct. 1995).

Terms in the title (4)： サンプラ ,  アミノ酸配列 ,  モチーフ ,  抽出法