Shimamura Teppei

シマムラテッペイ | Shimamura Teppei

Affiliation and department：
Other affiliations (2)：

Nagoya University Graduate School of Medicine
(兼任)名古屋大学糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門特任教授

Research field (2)： Biological, health, and medical informatics , Systems genomics

Research keywords (8)：一細胞解析 , マルチオミクス , 遺伝子ネットワーク , Omics , Next Generation Sequencer , Systems Biology , Bioinformatics , Statistics

Research theme for competitive and other funds (18)：

2023 - 2028 領域研究「細胞外情報を統御するマルチモーダルECM」の統括と運営
2022 - 2028 Platform for Advanced Genome Science
2020 - 2025 ウイルス-人体相互作用ネットワークの理解と制御
2022 - 2025 SHH型髄芽腫における異常RNAプロセシングの解明
2022 - 2024 ベイズ深層学習による細胞ダイナミクスの新次元俯瞰

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Papers (123)：

Masahiro Hashimoto, Yasuhiro Kojima, Takeharu Sakamoto, Yuki Ozato, Yusuke Nakano, Tadashi Abe, Kiyotaka Hosoda, Hideyuki Saito, Satoshi Higuchi, Yuichi Hisamatsu, et al. Spatial and single-cell colocalisation analysis reveals MDK-mediated immunosuppressive environment with regulatory T cells in colorectal carcinogenesis. EBioMedicine. 2024. 105102-105102
Yasuhiro Kojima, Shinji Mii, Shuto Hayashi, Haruka Hirose, Masato Ishikawa, Masashi Akiyama, Atsushi Enomoto, Teppei Shimamura. Single-cell colocalization analysis using a deep generative model. Cell Systems. 2024. 15. 2. 180-192.e7
Shiki Fujino, Norikatsu Miyoshi, Aya Ito, Rie Hayashi, Masayoshi Yasui, Chu Matsuda, Masayuki Ohue, Masafumi Horie, Shinichi Yachida, Jun Koseki, et al. Metastases and treatment-resistant lineages in patient-derived cancer cells of colorectal cancer. Communications Biology. 2023. 6. 1
Ko Abe, Teppei Shimamura. UNMF: a unified nonnegative matrix factorization for multi-dimensional omics data. Briefings in Bioinformatics. 2023
So Takeuchi, Takuya Takeichi, Yoshinao Muro, Teppei Shimamura, Masashi Akiyama. Plucked scalp hair follicle samples are useful RNA sources for mRNA analysis of most genodermatosis-associated genes. Journal of dermatological science. 2023. 111. 2. 68-70

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MISC (36)：

村瀬友哉, 武市拓也, 小関準, 宮坂勇輝, 室慶直, 大野民生, 島村徹平, 秋山真志. Nlrp1機能獲得変異による自己炎症性角化症のモデルマウスの作成・病態解析と治療法の開発. 日本皮膚科学会雑誌. 2022. 132. 5. 1375-1375
村瀬友哉, 武市拓也, 小関準, 宮坂勇輝, 室慶直, 大野民生, 島村徹平, 秋山真志. Nlrp1機能獲得変異による自己炎症性角化症のモデルマウスの作成・病態解析と治療法の開発. 日本皮膚科学会雑誌. 2022. 132. 5. 1375-1375
Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraishi, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Teppei Shimamura, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, et al. Myxofibrosarcoma is characterized by frequent abnormalities in TP53 and increased genetic instability. CANCER RESEARCH. 2019. 79. 13
Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, Akira Yokoyama, Yoichi Fujii, Tetsuichi Yoshizato, Kosuke Aoki, et al. Comprehensive analysis of genetic alterations and intratumor heterogeneity in myxofibrosarcoma. CANCER RESEARCH. 2018. 78. 13
Yasuhide Takeuchi, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraish, Teppei Shimamura, Tetsuichi Yoshizato, Yusuke Shiozawa, Kenichi Chiba, Hideki Makishima, Satoru Miyano, et al. Comprehensive Analysis of Genetic Alterations and Intratumor Heterogeneity in Myxofibrosarcoma. CANCER SCIENCE. 2018. 109. 716-716

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Lectures and oral presentations (4)：

細胞集団のダイナミクスを捉えるためのベイズモデリング
(第5回理論免疫学ワークショップ 2021)
がん研究における一細胞解析のためのモデリング・AI 技術の最新動向
(第79回日本癌学会学術総会 2020)
臓器連関トランスオミクス解析のためのベイズモデリング
(第93回日本生化学会大会 2020)
今こそ知りたい!行列因子分解~ゼロから始めるマルチオミクス解析~
(代謝統合オミクス若手技術セミナー 2020)

Education (3)：

2004 - 2007 Hokkaido University Graduate School of Information Science
2002 - 2004 Hokkaido University Graduate School of Engineering
1998 - 2002 Hokkaido University School of Engineering

Professional career (1)：

博士(情報科学) (北海道大学)

Work history (12)：

2023/05 - 現在 (兼任)名古屋大学糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門特任教授
2023/05 - 現在 Nagoya University Graduate School of Medicine
2023/04 - 現在 Nagoya University Designated Professor
2023/04 - 現在 Nagoya University Graduate School of Medicine Designated Professor
2023/01 - 現在 Tokyo Medical and Dental University Medical Research Institute Professor

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Committee career (1)：

2020/07 - 現在日本メディカルAI学会評議員

Awards (3)：

2016/03 - 文部科学省委託事業スキルと実践を重視したビッグデータ・イノベーション人材育成ビッグデータチャレンジ賞
2016/03 - 日本計算機統計学会平成28年度データ解析コンペティションID-POS部門最優秀賞
2011/12 - Japanese Society for Bioinformatics Japanese Society for Bioinformatics Prize Winners

Association Membership(s) (6)：

日本メディカルAI学会 , THE JAPANESE CANCER ASSOCIATION , THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN , JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS , JAPANESE SOCIETY OF COMPUTATIONAL STATISTICS , 日本生化学会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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