- 2020 - 2025 Does Evolution Repeat Itself? Genome Evolution and Phenotypic Convergence in Island Lizards
- 2021 - 2024 Small ミトコンドリアRNAによるヒト集団の進化
- 2021 - 2024 グッピーにおける色彩装飾形質の進化:csf1r遺伝子に着目して
- 2019 - 2023 アノールトカゲを用いた温度ニッチシフトの進化機構の解明
- 2019 - 2021 日本列島人で交雑後特異的に適応進化した精神的特性・食物に関連する遺伝子の検出
- 2019 - 2021 VMAT1変異が精神的個性に及ぼす影響:マルチスケールアプローチによる解明
- 2018 - 2021 雌によって選好されるゲノム領域の特定:環境依存的優良遺伝子化説の検証に向けて
- 2018 - 2020 モデル線虫近縁種による大きな進化的変化機構の解明と進化実験モデル生物の確立
- 2017 - 2019 VMAT1変異と体験が情動の個性に及ぼす影響:マルチスケールアプローチによる解明
- 2016 - 2019 キューバのアノールトカゲで複数回進化した開放高温環境への適応進化仮説の検討
- 2016 - 2018 体サイズの進化に伴って変化する性質と独立な性質:遺伝子改変線虫を用いて
- 2015 - 2018 グッピーにおける雌配偶者選好性の個体間変異と可塑性の進化機構の解明
- 2014 - 2017 視覚の適応が創出する種の多様性
- 2014 - 2016 遺伝子重複と生物の適応力の進化;酵母の進化実験系の確立による検証
- 2014 - 2016 全ゲノム重複後に消失する遺伝子パターンの実験的検証
- 2013 - 2016 新たな気候帯への適応進化機構の解明:半砂漠地帯のキューバアノールトカゲを用いて
- 2013 - 2016 外来種の侵略性に関る遺伝的基盤の解明
- 2010 - 2016 複合適応形質進化の遺伝子基盤解明
- 2012 - 2015 分布停滞および拡大に関わる進化的要因:チョウ類を用いての検証
- 2012 - 2014 遺伝子コピー数変異の野外集団解析による新たな疾病生態学の開拓
- 2010 - 2012 キューバにおけるアノールトカゲの適応形質部位特定とその候補遺伝子探索
- 2010 - 2011 侵入外来種の侵入・定着時の進化的応答の検出:全ゲノム配列決定によるアプローチ
- 2009 - 2011 グッピーの色覚多型の維持機構の解明:雄体色と雌選好性多型と関連づけて
- 2007 - 2009 "未来の生態系"天然二酸化炭素噴出地における植物の適応プロセスの解明
- 2007 - 2009 地球・地域環境変化と生物進化:ミジンコ休眠卵を用いた分子古生物学的解析
- 2006 - 2008 グッピーの色覚に影響する視物質遺伝子の多様性:雌の配偶者選好の変異と関連づけて
- 2003 - 2005 個体の移動分散が資源利用の進化と種多様性に及ぼす影響:理論予測と島群集による検証
- 2003 - 2005 多様性の揺籠:フロンティア環境における生物進化
- 2002 - 2005 ホタルのルーツを求めた中国雲南省の発光甲虫生態調査
- 2002 - 2003 空間行動と共存群集の進化:C.elegansをつかった実験進化生態学の開拓
- 2001 - 2003 個体をベースとした生物多様性のためのデータベースシステムの開発および構築と運用
- 2000 - 2002 生息地の構造と密度依存的性質の進化:個体数変動の進化的意義と関連させて
- 2000 - 2002 海から陸への進化:巻貝の上陸過程とその要因
- 1999 - 2002 種分化のメカニズム
- 2000 - 2000 種分化による多様性創出のメカニズムの解明
- 1998 - 1999 生息地の空間構造が有害遺伝子の蓄積に及ぼす影響:淡水産巻き貝を用いての検証
- 1996 - 1997 局所的相互作用がもたらす生物集団の動態と多義性
- 1995 - 1997 生態的に安定な種の組み合わせに関する実験的・理論的研究
- 1996 - 1996 人間行動と進化
- 1996 - 1996 集団の進化を創出するマクロレベルとミクロレベルの相互作用の検出
- 1995 - 1995 個体の行動と進化を創り出すマクロレベルとミクロレベルの相互作用の検出
- 1994 - 1994 個体間の相互作用と個体の空間分布の相互影響
- 1993 - 1993 資源の空間的分布と個体間の相互作用
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