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J-GLOBAL ID：200902212386404029   整理番号：08A0869952

Cdc25Bおよびその1,4-ナフトキノン阻害剤との錯体のナノ秒分子動力学シミュレーション 合理的な阻害剤設計との関連

Nanosecond molecular dynamics simulations of Cdc25B and its complex with a 1,4-naphthoquinone inhibitor: Implications for rational inhibitor design

著者 (4件)： KO Sungmin (Dep. of Bioscience and Biotechnology, Sejong Univ., 98 Kunja-Dong, Kwangjin-Ku, Seoul 143-747, KOR) ,  LEE Woojin (Dep. of Chemistry, Seoul National Univ., Seoul 151-747, KOR) ,  LEE Sangyoub (Dep. of Chemistry, Seoul National Univ., Seoul 151-747, KOR) ,  PARK Hwangseo (Dep. of Bioscience and Biotechnology, Sejong Univ., 98 Kunja-Dong, Kwangjin-Ku, Seoul 143-747, KOR)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 27  号： 1  ページ： 13-19  発行年： 2008年08月 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cdc25ホスファターゼは多様な癌における過剰発現との相関から抗癌治療の魅力ある薬物ターゲットと考えられてきた。新しい強力な阻害剤の設計の知見を得るためにCdc25Bおよびその1,4-ナフトキン阻害剤NSC95397との錯体について水溶液中の分子動力学シミュレーションを用いて検討した。動力学的計算結果から,活性点まわりのC末端領域の出発点にある530~532残基の柔軟性がCdc25Bの触媒作用の原因であることが示された。しかし,活性サイトにおける阻害剤の結合によりMet531の側鎖との疎水性相互作用により屈曲性残基の振幅は顕著に減少した。シミュレーションの結果はまた少なくとも四個の水素結合が酵素-阻害剤錯体に含まれることを示した。中でも,Glu478の側鎖カルボキシル基と阻害剤のヒドロキシル基の一つの間の水素結合が活性点中の阻害剤を安定化する最も強い結合力であることを見出した。本結果は単一ヒドロキシル基の存在が1,4-ナフトキノン阻害剤の阻害活性に十分であるという従来の実験的推定を支持した。Copyright 2008 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *タンパク質 ,  *タンパク質チロシンホスファターゼ ,  *酵素阻害剤 ,  *キノン ,  *芳香族縮合化合物 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  抗腫瘍薬 ,  錯体生成 ,  分子化合物 ,  分子間相互作用 ,  水溶液 ,  疎水性相互作用 ,  水素結合 ,  分子振動 ,  ヒドロキシ基
準シソーラス用語： ヒドロキシル基 ,  *Cdc25B ,  *ナフトキノン誘導体 ,  抗癌剤 ,  分子内振動

分類 (4件)： 酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  分子化合物  (CE02000C) ,  その他の高分子の反応  (CG03040H) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： 2,3-ビス(2-ヒドロキシエチルチオ)-1,4-ナフトキノン

タイトルに関連する用語 (7件)： Cdc25B ,  ナフトキノン ,  阻害剤 ,  錯体 ,  ナノ秒 ,  分子動力学シミュレーション ,  設計