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J-GLOBAL ID：200902212427601870   整理番号：08A0937801

8-ビニル-デオキシアデノシンと2-アミノ-デオキシリボシルプリンの時間分解蛍光特性は二本鎖中でそれらの反対塩基に異なる感度を示す

Time-Resolved Fluorescent Properties of 8-Vinyl-deoxyadenosine and 2-Amino-deoxyribosylpurine Exhibit Different Sensitivity to Their Opposite Base in Duplexes

著者 (6件)： KENFACK Cyril A. (Univ. Louis Pasteur, Illkirch, FRA) ,  KENFACK Cyril A. (Univ. de Douala, Douala, CMR) ,  PIEMONT Etienne (Univ. Louis Pasteur, Illkirch, FRA) ,  BEN GAIED Nouha (Univ. de Nice Sophia Antipolis Parc Valrose, Nice, FRA) ,  BURGER Alain (Univ. de Nice Sophia Antipolis Parc Valrose, Nice, FRA) ,  MELY Yves (Univ. Louis Pasteur, Illkirch, FRA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 112  号： 32  ページ： 9736-9745  発行年： 2008年08月14日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： オリゴヌクレオチドに対する蛍光プローブとして8-ビニル-デオキシアデノシン(8VA)と2-アミノ-デオキシリボシルプリン(2AP)を比較した。アデノシン(A)の蛍光類似物質として8VAを検証するため,二本鎖中反対塩基(Y)の性質を判別する型d(CGT TTT XNX TTT TGC)(N=8VAまたは2AP,X=TとC)配列中で8VAと2APの能力を比較した。両プローブについて,蛍光強度減衰の短寿命と長寿命の振幅と同様に蛍光異方性減衰の高速回転相関時間の振幅における系統的変化をYの性質の関数として観測した。これらのパラメータから,生のA塩基との安定序列に類似しているが,2APとの安定性序列とは異なる安定性序列8VA-T>8VA-G>8VA-A>8VA-Cを観測した。分子力学とab initio計算を用い,2APのパラメータにない,8VAの時間分解パラメータが幾何形状とA-Y塩基対相互作用の強さと良く相関することを見いだした。このことは位置2のアミノ基に比較して位置8のビニル基が誘起する小さな構造上と電子的摂動によって合理化できる。結果的に,塩基対における8VAによるAの置換は塩基対の構造と相互作用エネルギーをごくわずか修飾することが分かった。

シソーラス用語： *DNAプローブ ,  可視化 ,  *蛍光標識 ,  デオキシリボヌクレオシド ,  リボヌクレオシド ,  *DNA【核酸】 ,  ヌクレオチド配列 ,  置換基効果 ,  オリゴヌクレオチド ,  *蛍光測定 ,  蛍光減衰 ,  蛍光寿命 ,  放射強度 ,  時間依存性 ,  異方性 ,  塩基対 ,  不適正塩基対 ,  摂動 ,  分子内力学 ,  ab initio MO法 ,  ピリミジン塩基 ,  プリン塩基 ,  時間分解分光法 ,  プリンヌクレオシド ,  窒素複素環化合物 ,  ヒドロキシ化合物 ,  ウレア化合物 ,  診断用薬
準シソーラス用語： ミスマッチ塩基対 ,  蛍光プローブ ,  蛍光強度 ,  相関時間 ,  分子力学 ,  二本鎖DNA

分類 (2件)： 分析機器  (CC02020S) ,  核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (6件)： 2-アミノ-9-(2-デオキシ-β-D-リボフラノシル)-9H-プリン ,  8-ビニル-2′-デオキシアデノシン ,  アデノシン ,  グアニン ,  シトシン ,  チミン

タイトルに関連する用語 (4件)： デオキシアデノシン ,  時間分解蛍光 ,  塩基 ,  感度