特許

J-GLOBAL ID：200903065260001132

塩基配列検索装置及び塩基配列検索方法

発明者： 森下 真一 ,  山田 智之
出願人/特許権者： 株式会社バイオシンクタンク
代理人 (1件)： 工藤 一郎
公報種別：再公表公報
出願番号（国際出願番号）：JP2005006397
公開番号（公開出願番号）：WO2005-096208
出願日： 2005年03月31日
公開日（公表日）： 2005年10月13日
要約：

siRNAなどの塩基配列を設計する場合に、類似する塩基配列を含む遺伝子を漏れなく高速に検索する装置及び方法などを提供する。このために、入力された塩基配列から所定の長さの二つの部分配列とその余の部分とを特定して、対応する塩基が適合しない数であるハミング距離を、それらの部分配列とその余の部分とに分割して割り当てて、2つの部分配列のうち、割り当てられた数が大きくないほうを選択して、検索を行なうようにする。

請求項（抜粋）：

遺伝子情報を表わす遺伝子塩基配列を格納したデータベースを検索するための索引であり、所定の長さである所定長の塩基配列が前記遺伝子塩基配列の中に出現する位置を検索するための索引、を用いて、入力される塩基配列と同じ長さで類似する塩基配列であり前記遺伝子塩基配列に出現する塩基配列である類似塩基配列を検索するための塩基配列検索装置であって、 前記所定長を超える長さの塩基配列を入力する塩基配列入力部と、 前記塩基配列入力部に入力された塩基配列である入力塩基配列に対して、適合しない塩基への置換の操作を行なう塩基の個数を示すハミング距離を入力するハミング距離入力部と、 前記入力塩基配列の部分配列であって、前記所定長の長さを持ち異なる2つの部分配列と、その余の部分と、を特定する特定部と、 前記特定部で特定された部分配列とその余の部分とに、前記ハミング距離入力部で入力されたハミング距離を分割して割り当てる割当部と、 前記特定部で特定された2つの部分配列のうち、前記割当部で割り当てられたハミング距離で示される個数の塩基を適合しない塩基へ置換する操作を前記部分配列に対して行なって生成される塩基配列である置換塩基配列の総数が大きくない方を選択する選択部と、 前記選択部により選択された部分配列に対して、前記割当部で割り当てられたハミング距離をもつ置換塩基配列を生成する置換塩基配列生成部と、 前記置換塩基配列生成部で生成された置換塩基配列を検索キーとして前記索引を用いて検索を行なう検索部と、 を有する塩基配列検索装置。

IPC (2件)：

G06F 19/00 ,  G06F 17/30

FI (2件)：

G06F19/00 600 ,  G06F17/30 170F

Fターム (7件)：

4B024AA11 ,  4B024AA20 ,  4B024CA01 ,  4B024HA11 ,  4B024HA19 ,  5B075NK02 ,  5B075UU19