- 2021 - 2024 チョウザメのメタボロミクスに基づいた肉・卵の高付加価値化に関する研究
- 2016 - 2020 地衣類の共生コンビネーションの可塑性と多様性-北極から南極までの系統理地学
- 2014 - 2019 Dアミノ酸でよりよく成長する微生物の系統と代謝
- 2012 - 2017 東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析
- 2011 - 2015 極限環境下の生物多様性-モデルサイトとしての南極湖沼
- 2011 - 2014 南極域の風送バイオエアロゾル実相調査:気球等を使った先駆的生態系観測の展開
- 2011 - 2013 高度に新規な「ゆっくり増える菌」の系統分類および生物地理に関する研究
- 2009 - 2011 オマーンに湧出する高アルカリ泉から学ぶアルカリ環境の地球・生物資源科学
- 2006 - 2009 大規模環境変動に対する極域湖沼生態系の応答機構
- 2006 - 2009 南北両極の微生物相の多様性と系統に関する調査研究-国際極年計画の中核として
- 2005 - 2007 0.2ミクロンより小さい細菌(ナノバクテリア)の多様性と系統分類に関する研究
- 2005 - 2005 わが国の地下圏生命科学の推進と国際会議ISSMの準備
- 2002 - 2005 地球環境変動が極地潮沼生物相に与える影響評価
- 2002 - 2005 国際共同観測による中央海嶺研究の総合的推進
- 2002 - 2005 深海化学合成共生系における宿主動物と共生菌の系統と多様性に関する研究
- 2002 - 2004 未利用海洋生物による有用物質の環境循環型生産に関する研究
- 1999 - 2004 海底地圏生態系と生物進化史の研究
- 2001 - 2003 クラゲ類の大量発生メカニズムの解明とクラゲ害軽減化に関する環境科学的研究
- 1999 - 2001 国際海嶺共同研究-地球環境変動システムと中央海嶺
- 1999 - 2000 地球生物圏フロンティア(深海底と地底)の微生物相-分類と生態
- 1997 - 1998 特異な深海生物(ハオリムシ)における共生微生物相の研究
- 1995 - 1996 海底熱水の自動採水装置の開発および試験研究
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