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J-GLOBAL ID：201002216817747421   整理番号：10A0082282

siRNA配列設計システム“SISNIPER”の開発

著者 (3件)： 石川元一 (三菱スペース・ソフトウェア) ,  野原祥夫 (三菱スペース・ソフトウェア) ,  佐藤仁則 (三菱スペース・ソフトウェア)
資料名： MSS技報
巻： 17  ページ： 42-47  発行年： 2006年07月 
JST資料番号： L4983A  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： siRNAを細胞に導入することでmRNAを破壊し,遺伝子機能解析することが汎用されている。このための専用ソフトウェアが種々提供されているが,設計精度の点で問題が指摘されている。GC含量,RISCへの導入効率,塩基位置,off-target effect,活性プロファイル適合度の5つの基準を用い,各siRNA候補配列にスコアをつけることで活性を予測し,有効なsiRNAを選択しようというsiRNA配列設計システムSISNPERを開発した。更にユーザーごとの設計結果保持機能やPDF出力機能,プロファイルの自動生成機能などの利便性を高める機能も付与した。本論文ではその開発の背景,現在の市場と技術的な課題,WetとDryの融合による課題の解決,アルゴリズムの詳細,Webシステムとしての実装:SISNIPERの順に解説した。

シソーラス用語： *siRNA ,  *ソフトウェア ,  精度 ,  塩基組成 ,  アルゴリズム ,  mRNA ,  遺伝子発現 ,  RISCマシン ,  遺伝子サイレンシング
準シソーラス用語： 解析精度 ,  GC含量

分類 (1件)： 計算機ソフトウエア一般  (JD01010K)

引用文献 (11件)：

• S. M. Elbashir, et. al.(2001) RNA interference is mediated by 21-and 22-nucleotide RNAs. Genes Dev.15: 188-200
• The European Molecular Open Software Suite (http://emboss.sourceforge.net/)
• Reynolds A, et. al (2004) Rational siRNA design for RNA interference. Nat. Biotechnol.22(3): 326-30
• Naito Y, et. al.(2004) siDirect: highly effective, target-specific siRNA design software for mammalian RNA interference. Nucleic Acids Res.32: W124-W129
• Schwarz D. S., et. al.(2003) Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex. Cell.155: 199-208

タイトルに関連する用語 (3件)： siRNA ,  設計システム ,  開発