PGF-DB: Plant Gene Family Database

PGF-DBは、RAP-DB (Rice Annotation Project Database)とつないで、イネ、ソルガム (モロコシ) 、トウモロコシ、シロイヌナズナの遺伝子ファミリーを解析するためのデータベースです。各遺伝子ファミリーについて、ファミリーを構成する遺伝子のTranscript ID、機能アノテーション、生物種の情報が収録されています。解析にはマルコフクラスタリング (Markov CLustering; MCL) とBLASTPの完全一致クラスタリング手法が用いられています。遺伝子ファミリーの名前はInterProのドメインに基づいて割り当てられており、ファミリー名やキーワードから検索が可能です。