資源
J-GLOBAL ID:201410065709372600
研究資源コード:NBDC00720
更新日:2022年01月24日
tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts
tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts
資源分類:
データ・データベース
タグ【対象】 (2件):
ゲノム/遺伝子
, RNA
タグ【データの種類】 (1件):
配列
生物種 (3件):
Bacteria (NCBI Taxonomy ID: 2)
, Archaea (NCBI Taxonomy ID: 2157)
, Viruses (NCBI Taxonomy ID: 10239)
概要:
3種類のtRNA遺伝子予測プログラム(tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder)を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録しています。プログラム間で予測結果が一致しない場合にはエキスパートが手作業で精査しています。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャーisoaccepting tRNAが解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNAが解読するコドン(不適合コドン)を調べることができます。
作成機関:
NBDC
レコード管理者:
Integbio Database Catalog
本レコードの利用条件:
Creative Commons CC0 license
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