ハイスループットシーケンシングとデグラドーム解析を用いたチャ植物(Camellia sinensis)における低温応答性マイクロRNAとそれらの標的の同定と特性化

ZHANG Yue; ZHU Xujun; CHEN Xuan; SONG Changnian; ZOU Zhongwei; WANG Yuhua; WANG Mingle; FANG Wanping; LI Xinghui

文献

J-GLOBAL ID：201502212153528078 整理番号：15A0222401

ハイスループットシーケンシングとデグラドーム解析を用いたチャ植物(Camellia sinensis)における低温応答性マイクロRNAとそれらの標的の同定と特性化

Identification and characterization of cold-responsive microRNAs in tea plant (Camellia sinensis) and their targets using high-throughput sequencing and degradome analysis

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資料名：
巻： 14 号： Oct ページ： 14:271 (WEB ONLY) 発行年： 2014年10月
JST資料番号： U7027A ISSN： 1471-2229 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:マイクロRNA(miRNA)はステムループ前駆体からダイサー触媒切除により産生される約19~21塩基の非翻訳RNAである。Camellia sinensisは世界中の最も重要な商業飲料作物の1つである。しかし,チャの低温ストレス耐性に関連したmiRNAはまだ検討されていない。低温ストレス耐性におけるmiRNAの機能へのより多くの識見を得るため,チャsRNAのlluminaシーケンシングを実施した。結果:Solexaシーケンシング技術はチャ葉の低温処理由来の低分子RNAライブラリのハイスループットシーケンシング用に使用した。既知の植物miRNAにシーケンシングデータを整列するため,106の保存されたC.sinensisのmiRNAを性質決定した。加えて,215の潜在的候補miRNAを見いだし,うちスター配列を持つ98候補を新規miRNAとして選択した,適切と差異的に制御されたmiRNAの両者を得,栽培種特異的miRNAは低温応答への応答においてマイクロアレイを基にした分子交雑で同定した。結果を定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応でも確認した。miRNAの標的を確認するため,2処理由来の2つのデグラドームライブラリーを構築した。デグラドームシーケンシングに基づいて,455と591遺伝子を,それぞれ低温処理と対照ライブラリー由来のmiRNAの切断標的として同定し,283標的が両ライブラリーに存在した。これらのmiRNA標的の機能解析は,発生と転写調節とストレス応答のような重要活性におけるそれらの関与を示した。結論:低温ストレスへの応答で,それぞれ”Yingshuang”において31のアップレギュレートと43のダウンレギュレートされたmiRNAを,”Baiye1”において46のアップレギュレートと45のダウンレギュレートされたmiRNAを発見した。総計763の標的遺伝子をデグラドームシーケンシングで検出した。RLM-5′RACE手順をC.sinensisの6つの標的遺伝子の切断部位のマッピングで成功裏に使用した。これらの知見は,C.sinensisでのmiRNAの制御機構に関する重要情報を明らかにし,低温応答時のmiRNA機能の理解を促進する。miRNA遺伝子型特異的発現モデルは,チャ系統間の異なる低温感受性を説明するかもしれない。(翻訳著者抄録)

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し好料作物 , 分子遺伝学一般

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