TOMATOMICS

• 明治大学 農学部

トマトの統合オミックスデータベースです。全てのトマトのEST配列、マイクロトムの完全長cDNA配列、ITAG2.4遺伝子モデルの配列を収録しています。各配列は予測されたゲノム上の位置に基づいてクラスター化され、対応づけられており、InterProやKEGG PathwayなどのデータベースへのBLAST結果に基づいてアノテーションされています。ゲノムブラウザーである「JBrowse」では、ゲノム構造アノテーション、Heinz 1906とMicro-TomのSNP、RNA-seqの情報などをみることができます。遺伝子発現や共発現の情報もITAG gene modelについて示されています。遺伝子名、ゲノムブラウザーでの検索やBLASTによる検索が可能です。