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J-GLOBAL ID：201702216731888455   整理番号：17A0323576

MOCCS:ChIP-Seqデータを用いたDNA結合モチーフのあいまいさを明らかにする【Powered by NICT】

MOCCS: Clarifying DNA-binding motif ambiguity using ChIP-Seq data

著者 (4件)： Ozaki Haruka (Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwanoha 5-1-5, Kashiwa, 277-8568 Chiba, Japan) ,  Iwasaki Wataru (Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwanoha 5-1-5, Kashiwa, 277-8568 Chiba, Japan) ,  Iwasaki Wataru (Department of Biological Sciences, Graduate School of Science, The University of Tokyo, Hongo 7-3-1, Bunkyo-ku, 113-0032 Tokyo, Japan) ,  Iwasaki Wataru (Atmosphere and Ocean Research Institute, The University of Tokyo, Kashiwanoha 5-1-5, Kashiwa, 277-8564 Chiba, Japan)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 63  ページ： 62-72  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子調節の重要な機構として,転写因子(TF)はDNA結合モチーフと呼ばれる特異的な短い配列パターンを認識することによりDNAに結合した。単一TFはそのDNA結合モチーフ,正準(典型的)と非標準的両モチーフを構成する内における不明確さを受け入れることができる。このようなDNA結合モチーフのあいまいさの説明は,遺伝子調節ネットワークを明らかにし,cis調節配列における突然変異を評価するために重要である。クロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP-seq)は現在に与えられたTFが結合するゲノム配列に関する豊富なデータを提供するが,既存のモチーフ発見法は与えられたTFは特異的DNA結合モチーフに結合することができるかどうかを答える直接できなかった。ここでは,DNA結合モチーフあいまいさ,MOCCSを明らかにするための方法を報告した。TFのChIP-Seqデータが与えられた時,MOCCSはすることをTFが結合するk-merごとに解析し,記述した。シミュレートされたデータセットの解析はMOCCSは種々のChIP-Seqデータセットに適用できる,データセット当り僅か数分を必要とすることを明らかにした。ENCODE ChIP-Seqデータセットへの応用はMOCCSは,与えられたTFは各DNA結合モチーフに結合するかどうかを直接評価することを証明した,既知の位置重み行列モデルはDNA結合モチーフあいまいさに関する十分な情報を提供しない。さらに,ユーザは典型的には入手できない多数のパラメータまたは背景ゲノム配列モデルを提供するために必要ではない。MOCCSはPerlとRで実装し,https://github.com/yuifu/moccs 4000を経て自由に利用可能である。既存モチーフ発見ソフトウェアを補完することによって,MOCCSはゲノムはDNA-蛋白質相互作用を介して多様な細胞過程を制御するかの基本的理解に寄与するであろう。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ソフトウェア ,  遺伝的調節 ,  ゲノム ,  突然変異 ,  転写因子 ,  *DNA【核酸】 ,  *曖昧さ
準シソーラス用語： 蛋白質-DNA相互作用 ,  Perl ,  モチーフ発見 ,  ゲノム配列 ,  クロマチン免疫沈降反応 ,  遺伝子調節ネットワーク ,  *DNA結合 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： DNA結合モチーフ ,  ChIP-Seq ,  転写因子

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： CHIP ,  DNA結合 ,  モチーフ ,  あいまいさ