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J-GLOBAL ID：201702221900830671   整理番号：17A0142927

現代DNAリードアラインメントアルゴリズムにおける種子と拡張法の比較【Powered by NICT】

A comparison of seed-and-extend techniques in modern DNA read alignment algorithms

著者 (3件)： Ahmed Nauman (Computer Engineering Lab, Delft University of Technology, 2628CD, The Netherlands) ,  Bertels Koen (Computer Engineering Lab, Delft University of Technology, 2628CD, The Netherlands) ,  Al-Ars Zaid (Computer Engineering Lab, Delft University of Technology, 2628CD, The Netherlands)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 1421-1428  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA読取配列はゲノム解析の主要な段階である。しかし,DNAリードが増大し続けるので,このアライメント過程中のこれらの長い読み取りを効果的に利用するため開発する必要がある新しいアプローチ。現代アライナは一般的にリードアライメントのための二段階手法を用いた;即ち1播種,2)拡張。本論文では,最良の播種と拡張の組合せを見出すために最新DNAリードアラインメントアルゴリズムで使用される種々の播種と拡張技術を調べた。播種と拡張アルゴリズムの種々の組合せのアラインメント精度と全体の実行時間を比較するのに使用できることをオープンソース一般的DNA読み出し露光装置を開発した。拡大のために,著者らの結果は,局所アラインメントは,より長い読み出しのための,他の拡張技術よりも3.6倍までより精度を達成する,最良の拡張法であることを示した。播種では,BLAST様種子拡張を使用した場合,最良のシーディング法はDNA読み出し(例えば,BWA MEMによって使用されたアプローチ)における全てのSMEMsを同定した。この組み合わせは他の播種技術よりもより正確な6×までの,より長い読み出しのための。局所アラインメントを用いて,シーディング法はアラインメント精度に影響を与えないことを観察した。さらに,4.5倍のスピードアップを可能にするベクトル命令を用いた局所アラインメントの最適化された実装はすべて拡大技術の最も速くすることを示した。全体として,重複しない最大完全マッチング種子による局所アラインメントを用いたその高精度と今後DNA読み出しのための最適化/加速のための高い可能性のために最良の播種拡張組合せであることを示した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： ベクトル ,  *アルゴリズム ,  *アラインメント ,  最適化 ,  *DNA【核酸】 ,  マッチング
準シソーラス用語： 高精度 ,  シーディング ,  BLAST ,  露光装置 ,  オープンソース ,  実行時間 ,  アライメント精度 ,  ゲノミクス ,  *拡張法 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： DNA ,  種子 ,  拡張法