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J-GLOBAL ID：201702224568303234   整理番号：17A0376319

異なるパキスタンリンゴ品種からのatpB遺伝子プロモータの計算機解析【Powered by NICT】

Computational analysis of atpB gene promoter from different Pakistani apple varieties

著者 (3件)： Mahmood Tariq (Department of Plant Sciences, Quaid-i-Azam University, Islamabad 45320, Pakistan) ,  Bakht Najeeb Ullah (Department of Plant Sciences, Quaid-i-Azam University, Islamabad 45320, Pakistan) ,  Aziz Ejaz (Department of Plant Sciences, Quaid-i-Azam University, Islamabad 45320, Pakistan)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 64  ページ： 1-8  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リンゴは世界バラ科に属するの温帯地域で栽培される四番目に重要な果実作物である。本研究では,atpB遺伝子のプロモーター(~1000bp)領域は六個の局所性リンゴ品種の遺伝的多様性と系統発生を評価するために使用した。atpB遺伝子はATPシンターゼのβサブユニットをコードする大きな葉緑体領域の一つである,以前は,系統学的研究に用いられてきた。本研究中に,atpBプロモーターは場所信号スキャン,MEGA6とBLASTnを含む種々のバイオインフォマティクスツールを用いて増幅し,配列決定し,分析した。系統発生分析中に,得られた系統樹は,調査したリンゴ品種の単系統起源を明らかにする二クラスタに検討した品種を分けた。ペアワイズ距離は平均0.101の0.047 0.170から範囲の中程度の遺伝的多様性を明らかにした。atpBプロモーター領域中に存在する異なるシス作用要素を同定するが,結果は,研究した品種間で56種の一般的なおよび20のユニークなシス調節要素の存在を示した。同定されたシス作用調節要素もマッピングした。Kala Kuluはシス作用要素の利用性に関して最高のユニークな特徴を持っていることが観察された。さらに,atpB遺伝子のプロモーター配列に存在するすべての調節要素の可能な機能は既に報告された情報のin vivoでの役割に関するに基づいて予測した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *リンゴ ,  局所性 ,  *遺伝子 ,  *プロモーター領域 ,  温帯 ,  系統樹 ,  系統発生 ,  *品種 ,  ATPシンターゼ
準シソーラス用語： シスエレメント ,  系統解析 ,  系統学 ,  βサブユニット ,  遺伝多様性 ,  *コンピュータ解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： リンゴ ,  遺伝的多様性atpBプロモータ ,  シス作動性の調節要素

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： パキスタン ,  リンゴ ,  品種 ,  遺伝子プロモータ ,  計算機解析