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J-GLOBAL ID：201702237389317608   整理番号：17A0750846

TreeExp1 1.0:RNA Seqデータに基づく解析発現進化のためのRパッケージ【Powered by NICT】

TreeExp1.0: R Package for Analyzing Expression Evolution Based on RNA-Seq Data

著者 (4件)： Ruan Hang (State Key Laboratory of Genetic Engineering, MOE Key Laboratory of Contemporary Anthropology, and Collaborative Innovation Center of Genetics and Development, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Su Zhixi (State Key Laboratory of Genetic Engineering, MOE Key Laboratory of Contemporary Anthropology, and Collaborative Innovation Center of Genetics and Development, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Gu Xun (State Key Laboratory of Genetic Engineering, MOE Key Laboratory of Contemporary Anthropology, and Collaborative Innovation Center of Genetics and Development, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Gu Xun (Department of Genetics, Development and Cell Biology, Iowa State University, Ames, Iowa)
資料名： Journal of Experimental Zoology. Part B. Molecular and Developmental Evolution  (Journal of Experimental Zoology. Part B. Molecular and Developmental Evolution)
巻： 326  号： 7  ページ： 394-402  発行年： 2016年 
JST資料番号： A1624A  ISSN： 1552-5007  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA-seq技術の最近の革新はトランスクリプトーム変化の研究に関する洞察に満ちた光,特に組織特異的発現進化の研究に当てた。トランスクリプトームデータの系統発生解析は,関心の形態学的,生理学的,および発育形質における進化的変化の根底にある原因遺伝子発現の差を同定するのに役立つ可能性がある。しかし,トランスクリプトームデータを解析系統発生的・ソフトの欠乏である。この必要性に対処するために,著者らはRNA-seqデータに基づく比較発現進化解析,最適化された入力フォーマット,正規化,ペアワイズ発現距離推定,発現特性木推論,及び予備的発現系統発生ネットワーク解析を実行できるRパッケージTreeExpを開発した。TreeExpもカスタマイズされた系統樹にマップ発現距離にユーザを可能にした。ほ乳類遺伝子発現進化の二例のTreeExpを適用することにより,(1)脳と精巣の発現は小さな不一致を有する既知の哺乳類種系統樹と一致していることを観察した;(2)intertissues発現発散(脳と精巣)は,哺乳類種を越えた種間発現発散より大きい;および(3)神経系発生に関連した遺伝子モジュールの発現パターンはハウスキーピング遺伝子と比較して霊長類の脳における特異的発現パターンを示した。これらの組織特異的発現パターンは複雑な生物の進化発生学機構の基礎となる洞察を与えるかもしれない。TreeExpはGPLν3オープンソースライセンスで開放され,現在の安定した1.0版であるGithub現像液部位(https://github.com/hr1912/TreeExp)で自由に利用できる。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 遺伝子発現 ,  系統発生 ,  精巣 ,  最適化 ,  ハウスキーピング遺伝子 ,  モルフォロジー ,  *トランスクリプトーム ,  霊長類 ,  系統樹 ,  遺伝子
準シソーラス用語： 進化発生学 ,  遺伝子発現パターン ,  組織特異的発現 ,  RNA-seq ,  *Rパッケージ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： RNA ,  解析 ,  発現 ,  進化 ,  Rパッケージ