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J-GLOBAL ID：201702238690299932   整理番号：17A0758330

TSSタグのペアエンドシーケンシングによるArabidopsis遺伝子および非遺伝子プロモータの同定【Powered by NICT】

Identification of Arabidopsis genic and non-genic promoters by paired-end sequencing of TSS tags

著者 (13件)： Tokizawa Mutsutomo (United Graduate School of Agriculture, Gifu University, Yanagido 1-1, Gifu City, Gifu, 501-1193, Japan) ,  Kusunoki Kazutaka (United Graduate School of Agriculture, Gifu University, Yanagido 1-1, Gifu City, Gifu, 501-1193, Japan) ,  Koyama Hiroyuki (United Graduate School of Agriculture, Gifu University, Yanagido 1-1, Gifu City, Gifu, 501-1193, Japan) ,  Koyama Hiroyuki (Faculty of Applied Biological Sciences, Gifu University, Yanagido 1-1, Gifu City, Gifu, 501-1193, Japan) ,  Kurotani Atsushi (RIKEN Center for Sustainable Resource Science, Suehiro-cho 1-7-22, Tsurumi-ku, Yokohama, Kanagawa, 230-0045, Japan) ,  Sakurai Tetsuya (RIKEN Center for Sustainable Resource Science, Suehiro-cho 1-7-22, Tsurumi-ku, Yokohama, Kanagawa, 230-0045, Japan) ,  Suzuki Yutaka (Institute of Medical Science, University of Tokyo, Shiroganedai 4-6-1, Minato-ku, Tokyo, 108-8639, Japan) ,  Sakamoto Tomoaki (Plant Global Education Project, Graduate School of Biological Sciences, Nara Institute of Science and Technology, Takayam-cho 8916-5, Ikoma, Nara, 630-0192, Japan) ,  Kurata Tetsuya (Plant Global Education Project, Graduate School of Biological Sciences, Nara Institute of Science and Technology, Takayam-cho 8916-5, Ikoma, Nara, 630-0192, Japan) ,  Yamamoto Yoshiharu Y. (United Graduate School of Agriculture, Gifu University, Yanagido 1-1, Gifu City, Gifu, 501-1193, Japan) ,  Yamamoto Yoshiharu Y. (Faculty of Applied Biological Sciences, Gifu University, Yanagido 1-1, Gifu City, Gifu, 501-1193, Japan) ,  Yamamoto Yoshiharu Y. (RIKEN Center for Sustainable Resource Science, Suehiro-cho 1-7-22, Tsurumi-ku, Yokohama, Kanagawa, 230-0045, Japan) ,  Yamamoto Yoshiharu Y. (JST ALCA, Tokyo, Japan)
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 90  号： 3  ページ： 587-605  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写開始部位(TSS)に関する情報は,プロモーター構造の解析のためのベースラインデータを提供した。本論文では,対とシングルエンドディープシークエンシングを用いた根,シュート,花,黄化実生から調製したいくつかのライブラリーからArabidopsis TSSタグを解析した。約三千三百万マッピングTSSタグのクラスター化は,Arabidopsisゲノムにおける蛋白質コード遺伝子の79.7%(21672/27206)をカバーする324461種類のプロモーターを同定した。さらに著者らは,任意の遺伝子モデルと関連していなかったことを遺伝子内,アンチセンスおよびオーファンプロモーターを同定した。これらの中で,遺伝子内プロモーターはTSSとコアプロモーター要素組成でジヌクレオチド配列に関するユニークな特性を示し,これらのプロモーターは転写開始の異なる機構を用いることを示唆した。プロモーター位置に関連した塩基組成の分析は,プロモーター領域を通して低いGC含量とTATA型プロモータのではなく,コアレス型プロモータの明らかであったことをいくつかの局所鎖バイアスを明らかにした。観察された殆どの鎖バイアスは単一ヌクレオチド多型率の鎖バイアスと一致した。著者らの分析はまた,遺伝子の転写は平均2.7遺伝子プロモータの,その中で1つの特異的プロモーター,促進剤として,遺伝子の発現レベルを決定する実質的にによって支持されることを明らかにした。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ジヌクレオチド ,  一塩基多型 ,  ゲノム ,  *Arabidopsis ,  塩基組成 ,  黄化 ,  タンパク質 ,  *遺伝子 ,  実生 ,  *プロモーター領域 ,  バイアス ,  クラスタ化
準シソーラス用語： GC含量 ,  転写開始部位 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 転写は開始部位 ,  promoter ,  コアプロモータ要素 ,  転写調節 ,  プロモーター成熟 ,  TSS seq ,  Arabidopsis thaliana

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (6件)： TSS ,  タグ ,  Arabidopsis ,  遺伝子 ,  遺伝子プロモータ ,  同定