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J-GLOBAL ID：201702238778365266   整理番号：17A0219120

分子レベルでの蛋白質-DNA相互作用の解明: DFTおよびNCI研究

Unravelling Protein-DNA Interactions at Molecular Level: A DFT and NCI Study

著者 (9件)： GONZALEZ J. (Universidad del Pais Vasco-UPV/EHU, Leioa, ESP) ,  BANOS I. (Universidad de La Rioja, Logrono, ESP) ,  LEON I. (Universidad del Pais Vasco-UPV/EHU, Leioa, ESP) ,  CONTRERAS-GARCIA J. (UPMC Univ. Paris 06, Paris, FRA) ,  CONTRERAS-GARCIA J. (Lab. de Chimie Theorique, CNRS, Paris, FRA) ,  COCINERO E. J. (Universidad del Pais Vasco-UPV/EHU, Leioa, ESP) ,  LESARRI A. (Universidad de Valladolid, Valladolid, ESP) ,  FERNANDEZ J. A. (Universidad del Pais Vasco-UPV/EHU, Leioa, ESP) ,  MILLAN J. (Universidad de La Rioja, Logrono, ESP)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 12  号： 2  ページ： 523-534  発行年： 2016年02月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子力学,DFT計算,NCI(非共有結合相互作用)を含む計算法を併用して,還元主義分子アプローチを介して蛋白質-DNA相互作用の分子基板を調査した。中庸の水素結合およびvan der Waals分散力の2種の分子間相互作用は,選択したダイマーの凝集特性を制御して,包括的な立体構造マップと分子特性を提供する。最も安定なクラスタで見出した相互作用の分析は,非極性アミノ酸(アラニン,バリン,イソロイシン)とDNA塩基間の相互作用が,ペプチド結合で常に起こることを示した。極性または帯電アミノ酸について,それらのすべてと塩基は,ペプチド結合と側鎖により相互作用することを,結果は示した。ただし,ペプチド結合のみで相互作用するグルタミンと9-メチルアデニン,および,側鎖とのみ相互作用するアスパラギンは除く。

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  *タンパク質 ,  *相互作用 ,  密度汎関数法 ,  化学結合 ,  分子間相互作用 ,  立体構造 ,  分子内力学 ,  水素結合 ,  van der Waals力 ,  ペプチド結合 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  カルボアミド ,  ジカルボン酸 ,  第一アミン ,  分枝鎖アミノ酸
準シソーラス用語： DFT【関数】 ,  非共有結合 ,  分子力学

分類 (2件)： アミノ酸  (CF10070V) ,  核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (10件)： グルタミン ,  9-メチルアデニン ,  アスパラギン ,  アラニン ,  バリン ,  イソロイシン ,  1-メチルシトシン ,  9-メチルグアニン ,  1-メチルチミン ,  アルギニン

タイトルに関連する用語 (4件)： 分子 ,  蛋白質-DNA相互作用 ,  DFT ,  研究