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J-GLOBAL ID：201702240889265357   整理番号：17A0193695

窒素ドープナノグラフェン構造; 混合ドッキング,MD及びQM/MMアプローチを用いた核酸塩基,ヌクレオチド及びそれらの三リン酸塩誘導体の吸着に関する研究

Nitrogen doped nanographene structures; study on the adsorption of nucleobases, nucleotides, and their triphosphate derivatives using mixed docking, MD, and QM/MM approaches

著者 (1件)： Ghadari Rahim (Computational Chemistry Laboratory, Department of Organic and Biochemistry, Faculty of Chemistry, University of Tabriz, 5166616471 Tabriz, Iran)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 146  号： 4  ページ： 044105-044105-12  発行年： 2017年01月28日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ドッキング及び分子動力学シミュレーションを用いて,中性及びアニオンの両方の形式での核酸塩基,ヌクレオチド及びそれらの三リン酸塩誘導体と窒素ドープグラフェン(NG)の相互作用を研究した。ドッキング研究において,結合エネルギー結果に基づいて,アニオン種及び核酸塩基は,それぞれNGの表面への最大及び最小の傾向を示した。分子力学的/Poisson-Boltzmann表面積結果は,アニオン種を除いて同様の結果を示した;これらの研究で,アニオン種はNGへのより少ない親和性を示した。研究したリガンドの電子的性質に及ぼすNGの影響を調べるため,時間依存密度汎関数理論研究を実行した;全てのケースで赤方シフトを観測した。分子研究における結合エネルギー分解及び原子の結果,相互作用が事実上van der Waalsであることを示した。本研究で考慮したグラファイト,ピリジン及びピロール窒素原子は,互いに類似した挙動を示した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *グラフェン ,  *吸着 ,  van der Waals力 ,  分子動力学 ,  分子構造 ,  三リン酸塩 ,  核酸塩基 ,  ヌクレオチド ,  ドーピング ,  窒素 ,  分子内力学 ,  結合エネルギー ,  密度汎関数法 ,  フロンティア軌道 ,  配位子
準シソーラス用語： ナノグラフェン ,  分子ドッキング ,  QM/MM法【分子力学】 ,  時間依存密度汎関数法

分類 (2件)： 分子間相互作用  (BH07020P) ,  物理的手法を用いた吸着の研究  (CB12043P)

タイトルに関連する用語 (10件)： 窒素ドープ ,  ナノグラフェン ,  ドッキング ,  Md ,  核酸塩基 ,  ヌクレオチド ,  三リン酸塩 ,  誘導体 ,  吸着 ,  研究