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J-GLOBAL ID：201702247377112126   整理番号：17A0376321

転写因子結合部位の隠された不均一性:SF-1の事例研究【Powered by NICT】

Hidden heterogeneity of transcription factor binding sites: A case study of SF-1

著者 (10件)： Levitsky V.G. (Federal State Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Levitsky V.G. (Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia) ,  Oshchepkov D.Yu. (Federal State Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Klimova N.V. (Federal State Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Ignatieva E.V (Federal State Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Ignatieva E.V (Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia) ,  Vasiliev G.V. (Federal State Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Merkulov V.M. (Federal State Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Merkulova T.I. (Federal State Research Center Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Merkulova T.I. (Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 64  ページ： 19-32  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ステロイド産生因子1(SF 1)は単量体としてDNAに結合する転写因子の小グループに属している。実験的に確認したSF-1結合部位の同一の訓練サンプルを用いて三つの異なるアプローチSitecon,SiteGA,oPWM人工はこれらの部位を認識するために使用されてきた。認識モデルのための適切な予測しきい値を選択した。すなわち,種々の方法のための偽陽性または陰性率による一致しきい値を用いて,非特異的プロモーターのデータセットからのステロイド産生遺伝子プロモーターの識別を最適化した。実験による検証の後,モデルを用いて,SF-1のためのChIP-seqデータを解析した。は異なるモデルにより認識される部位の集合は部分的に重複するだけであり,これらのモデルの統合は,ChIP-seq遺伝子座の80%までにおけるSF-1部位の同定を可能にすることを示した。FANTOM5プロジェクトから抽出した転写開始部位(TSS)と比較して[ 5000,]領域内にChIP-seqピークの三認識モデルを用いて検出された部位の構造を解析した。MATLIGNはoPWM,Sitecon,SiteGAによって予測されたサイトのための周波数行列を二グループに分類した。第1群はoPWM/Siteconと第二により記述され,SiteGAである。遺伝子オントロジー(GO)分析は,SF-1結合部位の異なる変異体を持つ遺伝子のセット間の差を明らかにするために使用した。一般的にこの解析はoPWM,Sitecon,またはSiteGAにより予測された結合部位を持つ遺伝子のGO用語にかなり多くの重複を明らかにしたが,最後の方法のみが負の調節とアポトーシスに関連する項に顕著な傾向を誘導した。結果はSF-1結合部位はその構造とoPWM+SiteconとSiteGAによる予測に対応する標的遺伝子の機能的アノテーションの両方で異なることを示唆した。SF1ChIP seqデータセットのためのChIP-Seqデータに富むモチーフのde novo同定のためのHomerソフトウェアのさらなる応用はoPWM+Siteconに類似したデータを与えた。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *不均一性 ,  アノテーション ,  最適化 ,  DNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  認知モデル ,  *事例研究 ,  アポトーシス ,  ステロイド産生 ,  *結合部位 ,  プロモーター領域
準シソーラス用語： 標的遺伝子 ,  遺伝子オントロジー ,  転写開始部位 ,  *ステロイド合成因子1 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 転写因子結合部位 ,  SF-1 ,  認識モデル ,  SiteGA ,  oPWM ,  Sitecon ,  ChIP-seq ,  構造変異体

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 転写因子結合部位 ,  不均一性 ,  SF-1 ,  研究