近親交配の力:イネ栽培化中のイネは収束進化のNGSベースGWAS【Powered by NICT】

Wang Hongru; Xu Xun; Vieira Filipe Garrett; Xiao Yunhua; Li Zhikang; Wang Jun; Nielsen Rasmus; Chu Chengcai

文献

J-GLOBAL ID：201702254498383464 整理番号：17A0124544

近親交配の力:イネ栽培化中のイネは収束進化のNGSベースGWAS【Powered by NICT】

The Power of Inbreeding: NGS-Based GWAS of Rice Reveals Convergent Evolution during Rice Domestication

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資料名：
巻： 9 号： 7 ページ： 975-985 発行年： 2016年
JST資料番号： C2651A ISSN： 1674-2052 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：中国 (CHN) 言語：英語 (EN)

低coveragewholeゲノムsequencingis実効戦略はassociationstudies inhumansをforgenome wide,遺伝子型補完のための大きな参照パネルのアベイラビリティに起因していた。しかし,この戦略は,参照パネルのない他の種で利用できるunclearwhetherである。シミュレーションを用いて,著者らは,このアプローチがイネ(Oryza sativaL.)のような同系交配種,効果的に半数体,容易なハプロタイプ構築と補完ベース遺伝子型判定を可能にし,大きな参照パネルのアベイラビリティがなくてももより適切であることを示した。withwell特性化表現型を203種のイネ品種の配列を決定し平均深さ1.5×でアメリカ農務省AgricultureRiceMiniコアコレクションのから三形質をマッピングするためのデータを使用した。最初の二形質,アミロース含量と種子の長さに対し,本アプローチはthemajor効果遺伝子座で以前にidentifiedcausalSNPsをidentificationof指示をもたらした。第三形質では,pericarpcolor,重要な形質は栽培化の際に選択を受けた,新たな主要効果遺伝子座を同定した。既知遺伝子座は二つの主要な亜種ofAsian栽培化されたイネ,japonicaおよびindicaの品種における色の変化を説明することができるが,同定された新しい遺伝子座である他の栽培化されたイネサブグループ,のは,既存の遺伝子座と共に,のにおける果皮色の主要な変化を完全には説明できに特異的であった。のにおける白色果皮のユニークな遺伝学的基礎の発見は,イネの栽培化の間の収斂進化の例を提供し,のは日本型イネとインド型の独立した栽培化の歴史を持つ可能性があることを示唆した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

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稲作

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