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J-GLOBAL ID：201702262547480283   整理番号：17A0106911

大腸菌O157:H7に対するCRISPRの検出【JST・京大機械翻訳】

Detection of Escherichia coli O157:H7 based on CRISPR locus

著者 (9件)： Liang Wenjuan (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University; Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory Medicine) ,  Zhang Rongguang (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University) ,  Duan Guangcai (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University; Henan Innovation Center of Molecular Diagnosis and Laboratory Medicine) ,  Wang Yingfang (Department of Preventive Medicine, Henan University of Science and Technology) ,  Hong Lijuan (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University) ,  Zhang Bing (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University) ,  Wang Pengfei (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University) ,  Xi Yuanlin (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University) ,  Yang Haiyan (Department of Epidemiology, College of Public Health of Zhengzhou University)
資料名： Xi’An Jiaotong Daxue Xuebao. Yixue Ban  (Xi'An Jiaotong Daxue Xuebao. Yixue Ban)
巻： 37  号： 5  ページ： 748-753  発行年： 2016年 
JST資料番号： C3018A  ISSN： 1671-8259  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】大腸菌O157:H7を検出するための新しい方法を確立するために,クラスタの規則的間隔の短い反復配列(CRISPR)に基づいて,大腸菌O157:H7を検出する。方法:PCR法を用いて,実験室で保存された443株の腸内細菌(310株の非O157:H7大腸菌,35株の大腸菌O157:H7,89株の赤痢菌と9株のサルモネラ菌)のCRISPR1とCRISPR2を増幅し,PCR産物を配列決定した。CRISPR データベースデータベース(標準法)100株の腸管細菌(47株非O157:H7大腸菌、5株大腸菌O157:H7、9株の赤痢菌と39株のサルモネラ菌)のCRISPR1とCRISPR2配列を抽出した。PCR生成物の配列とCRISPR データベースデータベースのCRISPR配列を,CRISPR FINDERオンラインソフトウェアを用いて分析した。CLUSTAL Xソフトウェアを用いて,配列アラインメントを行った。大腸菌O157:H7の相同性を,標準法とPCR増幅法によって検出した。結果:全部で543株の腸管細菌を分析し、そのうち75.6%の非O157:H7大腸菌、75.5%赤痢菌、91.7%サルモネラ菌と95%O157:H7大腸菌はCRISPR1を含有した。配列の数は3~26,2~9,2~32,3であった。57.1%の非O157:H7大腸菌,77.6%赤痢菌,85.4%サルモネラ菌と100%O157:H7大腸菌はCRISPR2を含有し,その中の配列の数は1~20,1~6,2~27,1あるいは4個であった。95%のO157:H7大腸菌のCRISPR1と90% CRISPR2はそれぞれ3つの独特な間隔配列(S1-1,S1-2,S1-3)と1つの独特な間隔配列(S2-1)を含む。結果:S1-1+S1-2+S1-3とS2-1のO157:H7大腸菌の特異性は,それぞれ100%と99.6%であった。大腸菌O157:H7に対するCRISPR1とCRISPR2の検出率は,それぞれ,99.6%と99.3%であった。大腸菌O157:H7による大腸菌O157:H7の検出は,大腸菌O157:H7の濃度が約2.3CFU/MLのとき,12時間後に検出された。大腸菌O157:H7クラスター分析により、40株O157:H7大腸菌は3種類に分けられることが分かった。結論:大腸菌O157:H7に対する大腸菌O157:H7感染の検出のための方法は,大腸菌O157:H7感染と大腸菌O157:H7の検出のための疫学的ツールとして用いることができる。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *大腸菌 ,  疫学 ,  ソフトウェア ,  赤痢菌 ,  PCR法 ,  クラスタ分析 ,  サルモネラ属 ,  *大腸菌O157 ,  相同性 ,  細菌
準シソーラス用語： 検出率 ,  特異性 ,  配列アライメント ,  腸内細菌 ,  *CRISPR配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Escherichia coli O157:H7 ,  clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) ,  PCR ,  detection

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  食品の汚染  (FJ01053P)

タイトルに関連する用語 (3件)： 大腸菌O157 ,  H7 ,  CRISPR