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J-GLOBAL ID：201702276265621702   整理番号：17A0142872

系統樹を構築するための統計的方法の代替としての圧縮ベース距離法【Powered by NICT】

Compression-based distance methods as an alternative to statistical methods for constructing phylogenetic trees

著者 (5件)： El-Dirany Mohamed (Department of Computer Science, Princeton University, New Jersey 08540, USA) ,  Wang Forrest (Department of Computer Science, University of Pittsburgh, Pennsylvania 15213, USA) ,  Furst Jacob (College of Computing and Digital Media, DePaul University, Chicago, Illinois 60604, USA) ,  Rogers John (College of Computing and Digital Media, DePaul University, Chicago, Illinois 60604, USA) ,  Raicu Daniela (College of Computing and Digital Media, DePaul University, Chicago, Illinois 60604, USA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 1107-1112  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 系統樹を構築するための距離ベースの方法は,長い矛盾及びより優勢な統計的方法に劣ると考えられていた。しかし,DNAに特異的な圧縮法の使用は,距離ベースの方法の有効性を改善するのに役立つことができた。電流DNA圧縮アルゴリズム,MFCompressなどを利用するとき,距離ベースの方法の妥当性を実証するために,亜目Labroideiから魚の密接に関連した種のデータセットにおよびエボラの系統にこのような方法を適用した。両ケースでは,非常に類似したあるいは統計に基づいた方法を用いて作製した公表された木と同一であることを木を生成した。これは距離ベース法は,元のDNA配列やシステム資源のに前処理を必要とせずに統計に基づいた方法と同等に実行できることを示唆した。さらにこの結果もまた一特異的DNA圧縮アルゴリズム,MFCompress,一貫して納得の他の一般的な,汎用圧縮アルゴリズムより性能が優れていること管理された方法に起因する種距離を計算する正確な方法を用いることの重要性を強調した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： DNA【核酸】 ,  前処理 ,  電流 ,  *系統樹 ,  アルゴリズム ,  *統計的方法
準シソーラス用語： DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 系統樹 ,  構築 ,  統計的方法 ,  代替