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J-GLOBAL ID：201702284325520984   整理番号：17A0368973

蛋白質N-ホルミル化との比較予測特徴選択法に基づくN アセチルアチオン【Powered by NICT】

Prediction of protein N-formylation and comparison with N-acetylation based on a feature selection method

著者 (7件)： Zhou You (School of Life Science, Shanghai University, Shanghai, PR China) ,  Zhou You (Institute of Health Sciences, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences and Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, PR China) ,  Huang Tao (Institute of Health Sciences, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences and Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, PR China) ,  Huang Guohua (School of Life Science, Shanghai University, Shanghai, PR China) ,  Zhang Ning (Department of Biomedical Engineering, Tianjin Key Lab of Biomedical Engineering Measurement, Tianjin University, Tianjin, PR China) ,  Kong XiangYin (Institute of Health Sciences, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences and Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai, PR China) ,  Cai Yu-Dong (School of Life Science, Shanghai University, Shanghai, PR China)
資料名： Neurocomputing  (Neurocomputing)
巻： 217  ページ： 53-62  発行年： 2016年 
JST資料番号： W0360A  ISSN： 0925-2312  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 翻訳後修飾は遺伝子調節細胞質機構~細胞活性において重要な役割を果たす。残念なことに,高分解能質量分析のような蛋白質翻訳後修飾を調べる実験方法は時間がかかり,労働集約的で高価である。従って,迅速で効率的な同定を容易にするための計算方法を開発する必要がある。本研究では,著者らはdagging法に基づくN-ホルミル化メチオニンを予測する方法を開発した。種々の特徴を組み込んだ,PSSM保存スコア,アミノ酸因子,二次構造,溶媒アクセシビリティと障害スコアを含んでいた。最適特徴集合はmRMR(最大関連性最小冗長性)法を用いて二十八の特徴とIFS(インクリメンタル特徴選択)法を含む選択した。これらの特徴に基づいて構築した予測モデルは,0.9074の精度と0.7478のMCC値を達成した。これらの最適特徴の解析を行い,いくつかの重要な因子と重要な部位はN-ホルミル化形成に重要な役割を果たしていることが明らかになった。N アセチルアチオンとN-ホルミル化,別のタイプのメチオニンの重要なN末端修飾を比較した。トップ34MaxRel(最も適切な)特徴の全部で二種類の修飾の,N-ホルミル化とN アセチルアチオン間の異なる機構を研究するための候補である可能性があることを区別するために選択した。本研究の結果は,これらの二種類の変化の理解をさらに関連検証実験のための指針を提供した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 二次構造 ,  遺伝的調節 ,  *ホルミル化 ,  *特徴選択 ,  冗長性 ,  アミノ酸 ,  翻訳後修飾 ,  予測モデル ,  タンパク質 ,  脂肪族アミン ,  スルフィド ,  脂肪族カルボン酸 ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 検証実験 ,  アミノ末端 ,  溶媒接触性 ,  スコア ,  細胞活性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： N-ホルミル化 ,  N アセチルアチオン ,  翻訳後修飾 ,  ランダム森林 ,  インクリメンタルな特徴選択

分類 (2件)： パターン認識  (JE07000S) ,  人工知能  (JE08000Z)

物質索引 (1件)： メチオニン

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質 ,  ホルミル化 ,  予測 ,  特徴選択