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J-GLOBAL ID：201702288886039968   整理番号：17A0412234

経路相互作用ネットワークに基づいた黄色ブドウ球菌(SA)曝露したマクロファージにおける調節不全経路【Powered by NICT】

Investigating dysregulated pathways in Staphylococcus aureus (SA) exposed macrophages based on pathway interaction network

著者 (8件)： Zhou Wei (College of Food Science and Technology, Agricultural University of Hebei, Baoding, 071000, Hebei Province, China) ,  Zhou Wei (Department of Biological Safety Inspection, Hebei Food Inspection and Research Institute, Shijiazhuang, 050091, Hebei Province, China) ,  Zhang Yan (Department of Biological Safety Inspection, Hebei Food Inspection and Research Institute, Shijiazhuang, 050091, Hebei Province, China) ,  Li Yue-Hua (Department of Biological Safety Inspection, Hebei Food Inspection and Research Institute, Shijiazhuang, 050091, Hebei Province, China) ,  Wang Shuang (Department of Biological Safety Inspection, Hebei Food Inspection and Research Institute, Shijiazhuang, 050091, Hebei Province, China) ,  Zhang Jing-Jing (Department of Biological Safety Inspection, Hebei Food Inspection and Research Institute, Shijiazhuang, 050091, Hebei Province, China) ,  Zhang Cui-Xia (Department of Biological Safety Inspection, Hebei Food Inspection and Research Institute, Shijiazhuang, 050091, Hebei Province, China) ,  Zhang Zhi-Sheng (College of Food Science and Technology, Agricultural University of Hebei, Baoding, 071000, Hebei Province, China)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 66  ページ： 21-25  発行年： 2017年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 経路相互作用ネットワーク(PIN)に基づく黄色ぶどう球菌(SA)暴露したマクロファージの調節不全経路を同定することを目的とした。調節不全経路の推論は四段階:調製遺伝子発現データ,蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)データと経路データで構成されていた;データとPearson相関係数(PCC)に依存PINを構築する主成分分析(PCA)法による各経路のための計算活性スコアによるPINから種子経路を選択する経路(MSP)の最小集合における経路の調節不全を調査し,種子経路とサポートベクトルマシン(SVM)モデルに実装された受信者動作特性曲線(AUC)下面積を活用した。全20,545遺伝子449,833相互作用と1189経路の遺伝子発現データ,PPIデータと経路データでそれぞれ得られた。PINは8388相互作用と1189ノードからなり,呼吸電子輸送,化学浸透共役によるATP合成,及び脱共役蛋白質による熱産生は種子経路として同定した。最後に,MSP(AUC=0.999)における15経路の調節不全は,SA感染試料,呼吸電子伝達及びDNA複製などが得られた。PINに基づくSA感染マクロファージの15調節不全経路を同定した。の知見は,SA感染症の早期発見と治療のための潜在的バイオマーカーを提供し,SA感染の根底にある分子機構を明らかにするために洞察を与えるかもしれない。しかし,これら調節不全経路を一緒にどのように作用するかまだ研究する必要がある。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 感染 ,  早期診断 ,  バイオマーカー ,  脱共役タンパク質 ,  サポートベクトルマシン ,  *黄色ぶどう球菌 ,  DNA複製 ,  *マクロファージ ,  共役 ,  主成分分析 ,  *相互作用
準シソーラス用語： 分子機構 ,  ROC曲線 ,  蛋白質間相互作用 ,  遺伝子発現データ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 黄色ブドウ球菌 ,  マクロファージ ,  データdysregulated経路 ,  活性 ,  経路相互作用ネットワーク

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 経路 ,  相互作用 ,  黄色ブドウ球菌 ,  SA ,  曝露 ,  マクロファージ ,  調節