- 2022 - 2025 古代DNAと骨格形態から探る、東アジアにおけるイヌの家畜化と日本列島への導入
- 2021 - 2025 Wallacea周辺における哺乳類の進化に対する分子的研究
- 2021 - 2025 共生の第三の主役: 地衣類の共生細菌の役割を代謝ネットワークから解明する
- 2021 - 2023 日本列島への人類の渡来に伴って形成された日本犬ゲノムの多重構成
- 2020 - 2023 絶滅したニホンオオカミの遺伝的変遷と移動を探る動物考古学的研究
- 2019 - 2023 陸から海にもどった羊膜類の適応形質進化機構の法則を探る
- 2019 - 2021 日本犬の成立に寄与したニホンオオカミのゲノム領域の解明
- 2018 - 2021 適応の副産物としての種分化: 環境適応が引き起こす生殖的隔離
- 2018 - 2021 潮汐環境に適応進化した体内時計の分子基盤の解明
- 2017 - 2021 ニホンオオカミとイヌとの交雑種?いわゆるヤマイヌの存在を探る動物考古学的研究
- 2014 - 2018 スラウェシ島固有のマカク属を用いた霊長類の種形成に関する遺伝領域の特定
- 2014 - 2017 視覚の適応が創出する種の多様性
- 2009 - 2014 新種の出現:種分化と大進化の分子機構
- 2011 - 2013 新規機能的染色体の機能獲得機構
- 2011 - 2013 感覚器適応種分化の分子機構とその普遍性
- 2009 - 2010 視覚の適応が引き起こす種分化の分子機構
- 2009 - 2009 生物多様性獲得の分子機構
- 2007 - 2008 種分化種形成の分子レベルのメカニズムの解明
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