特許
J-GLOBAL ID：201303095682474920

一塩基変異体の検出方法

発明者：
前田 瑞夫

前田 瑞夫 について

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宝田 徹

宝田 徹 について

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金山 直樹

金山 直樹 について

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柴田 秀彬

柴田 秀彬 について

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木村 鮎美

木村 鮎美 について


出願人/特許権者：
独立行政法人理化学研究所

独立行政法人理化学研究所 について


代理人 (3件)： 平木 祐輔 ,  石井 貞次 ,  藤田 節
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2007-204552
公開番号（公開出願番号）：特開2009-038983
特許番号：特許第5120838号
出願日： 2007年08月06日
公開日（公表日）： 2009年02月26日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 一塩基変異(SNP)を検出又は測定する方法であって、正常体及び一塩基変異体からなる一本鎖DNA試料、並びに/又はその他の核酸を含む試料を、正常体又は一塩基変異体の一塩基変異部位を含む部分配列に完全に相補的な相補核酸断片と水溶性高分子との複合体を充填したキャピラリー管を介して、キャピラリー電気泳動を実施することを含み、該方法を、以下のステップ: (a)泳動緩衝液中に含まれるアルカリ土類金属イオン及び/又はアルカリ金属イオンからなる金属イオンの濃度を設定するステップ; (b)ステップ(a)で設定した金属イオン濃度において、一塩基変異体及び正常体の熱安定性の最も高いホールディング構造の融解温度(Tfold)を決定し、前記泳動温度を、該融解温度(Tfold)より高い温度に設定するステップ;並びに (c)前記金属イオン濃度及び温度条件下で、正常体又は一塩基変異体のいずれかと前記複合体から形成される二重鎖の解離定数Kdが下記の式1: [ここで、μDは、正常体、一塩基変異体又はその他の核酸の電気泳動移動度であり;μCは正常体又は一塩基変異体のいずれかと前記複合体とから形成される二重鎖の電気泳動移動度であり;μ1及びμ2は、それぞれμD>μ1>μ2>μCを満たす任意の値であり、かつμ1は相対的にμDに近い値であり、μ2は相対的にμCに近い値であり;[L]0は前記相補的な核酸断片の総濃度である。] を満たすような前記相補核酸断片の長さを設定するステップ; によって設定した金属イオン濃度、泳動温度及び相補核酸断片長にて実施することを特徴とし、 ステップ(c)が、 (c1)所与の長さのランダム配列のDNAを作製するステップ; (c2)正常体又は一塩基変異体の塩基変異部位を含む部分配列と完全に相補的であり、かつ上記ステップ(a)及び(b)で設定した金属イオン濃度及び泳動温度条件にて、該部分配列と形成する二重鎖の熱安定度定数が下記の式2: を満たすような長さの核酸断片を作製し、該核酸断片と水溶性高分子との複合体を合成するステップ; (c3)上記ステップ(a)及び(b)で設定した金属イオン濃度及び泳動温度条件にて、前記ランダム配列のDNA、及び正常体又は一塩基変異体のいずれかとステップ(c2)で合成した複合体とから形成される二重鎖をキャピラリー電気泳動することによって、前記ランダム配列の電気泳動移動度μD、及び前記二重鎖の電気泳動移動度μCを決定するステップ; (c4)ステップ(c3)で決定したμD及びμCに基づいて、下記の関係: μD>μ1>μ2>μC [ここで、μ1は相対的にμDに近い値であり、μ2は相対的にμCに近い値である。] を満たす任意のμ1及びμ2の値をピーク分離が可能になるように設定するステップ; (c5)ステップ(c3)〜(c4)で決定したμD、μC、μ1及びμ2、並びにキャピラリー電気泳動に使用する相補的核酸の総濃度[L]0を上記の式1に代入して、解離定数Kdの上限値及び下限値を決定するステップ; (c6)正常体又は一塩基変異体、及び正常体又は一塩基変異体の一塩基変異部位を含む部分配列に完全に相補的な相補核酸断片と水溶性高分子の複合体、から形成される二重鎖の解離定数Kdが、ステップ(c5)で決定した範囲になるように、前記相補核酸断片の長さを設定するステップ; を含む、前記方法。
IPC (2件)：
C12Q 1/68 ( 200 6.01) ,  C12N 15/09 ( 200 6.01)
FI (2件)：
C12Q 1/68 ZNA Z ,  C12N 15/00 A
引用文献：
出願人引用 (7件)
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審査官引用 (7件)
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