金田亮

カナダリョウ | Kanada Ryo

所属機関・部署：
職名：上級研究員

研究分野 (1件)：生物物理学

競争的資金等の研究課題 (2件)：

2019 - 2022 全原子モデルの併用と機械学習手法の適用による粗視化分子モデルの高精度化
2000 - 2002 分子モーターの理論モデル

論文 (31件)：

Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno. Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model. Journal of chemical theory and computation. 2024. 20. 1. 7-17
Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno. Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model. Journal of Chemical Theory and Computation. 2023
Takumi Washio, Xiaoke Cui, Ryo Kanada, Jun-ichi Okada, Seiryo Sugiura, Yasushi Okuno, Shoji Takada, Toshiaki Hisada. Using incomplete Cholesky factorization to increase the time step in molecular dynamics simulations. Journal of Computational and Applied Mathematics. 2022
Kenichiro Takaba, Chiduru Watanabe, Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Biao Ma, Ryo Kanada, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Yusuke Kawashima, Hirotomo Moriwaki, et al. Protein-ligand binding affinity prediction of cyclin-dependent kinase-2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital-based interaction energy. Journal of Computational Chemistry. 2022. 43. 20. 1362-1371
Ryo Kanada, Kei Terayama, Atsushi Tokuhisa, Shigeyuki Matsumoto, Yasushi Okuno. Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics. Journal of chemical theory and computation. 2022

MISC (9件)：

Macoto Kikuchi, Ryo Kanada, Fumiko Takagi. Allosterically Regulated Structural Fluctuation and Microtubule-Binding Affinity of KiF1A-A Simulation Study of Coarse-Grained Model -. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2016. 110. 3. 459A-459A
Kanada Ryo, Takada Shoji. 3P028 粗視化分子シミュレーションによるMEK1-ERK2 相互作用の調査(01B. 蛋白質:構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度)). 生物物理. 2014. 54. 1. S253
Kanada Ryo, Takada Shoji. 2P047 粗視化シミュレーションによるリン酸化酵素複合体(MEK1-ERK2)のドッキングダイナミクス(01B.蛋白質:構造機能相関,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度)). 生物物理. 2013. 53. 1. S166
Kanada Ryo, Makino Tsukasa, Tomishige Michio, Takada Shoji. 1PS037 キネシンのヘッド間張力がヌクレオチド結合部位に与える影響 : 分子シミュレーションによる調査(日本生物物理学会第50回年会(2012年度)). 生物物理. 2012. 52. S80
Tsukasa Makino, Teppei Mori, Ryo Kanada, Ken-ichi Miyazono, Shoji Takada, Masaru Tanokura, Michio Tomishige. Structural Basis for the Coordinated Processive Movement of Kinesin-1 studied by Structural and Single Molecule Analyses. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2011. 100. 3. 120-121

書籍 (1件)：

in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術
技術情報協会 2018 ISBN:9784861046889

所属学会 (2件)：

日本物理学会 , 日本生物物理学会

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