資源
J-GLOBAL ID:201410010792557102
研究資源コード:NBDC00676
更新日:2015年04月02日
SALAD Database: Surveyed conserved motif ALignment diagram and the Associating Dendrogram
SALAD Database: Surveyed conserved motif ALignment diagram and the Associating Dendrogram
資源分類:
データ・データベース
タグ【対象】 (1件):
タンパク質
タグ【データの種類】 (2件):
配列
, 分類
生物種 (1件):
Oryza sativa (NCBI Taxonomy ID: 4530)
概要:
SALADデータベースでは、植物間のアミノ酸配列の類似性をもとにデンドログラムを作成し、機能的に似たタンパク質をクラスタリングすることができます。特徴として、保存領域(モチーフ)の有無がグラフィカルに表示されること、植物種間でのアノテーション比較が容易であること、アノテーションの類似性を指標にクラスタリングできること、保存モチーフごとに簡単に分子進化系統樹を作成できること、冗長性のない全ゲノム情報を解析していること、クラスタリングにアミノ酸置換マトリックスを用いていることなどが挙げられます。最新版では、生物種10種間で比較ができます。
作成機関:
NBDC
レコード管理者:
Integbio Database Catalog
本レコードの利用条件:
Creative Commons CC0 license
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