資源
J-GLOBAL ID：201410064061951122
研究資源コード：NBDC00374
更新日：2022年01月24日
ATTED-II: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
ATTED-II: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
保有機関：
資源分類：
データ・データベース
タグ【対象】 (2件)：
ゲノム/遺伝子
, cDNA/EST
タグ【データの種類】 (2件)：
発現
, 相互作用/パスウェイ
生物種 (9件)：
Arabidopsis thaliana (NCBI Taxonomy ID: 3702)
, Oryza sativa (NCBI Taxonomy ID: 4530)
, Glycine max (NCBI Taxonomy ID: 3847)
, Zea mays (NCBI Taxonomy ID: 4577)
, Solanum lycopersicum (NCBI Taxonomy ID: 4081)
, Brassica rapa (NCBI Taxonomy ID: 3711)
, Vitis vinifera (NCBI Taxonomy ID: 29760)
, Populus trichocarpa (NCBI Taxonomy ID: 3694)
, Medicago truncatula (NCBI Taxonomy ID: 3880)
概要：
ATTED-IIは、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJからのRNAseqデータを利用して計算された共発現データは、ピアソンの積率相関係数をベースとしたオリジナルの指標 Mutual rank (MR)で表わされます。興味のある遺伝子を検索すると、共発現する遺伝子のリストとそのオルソログが表示されます。また、NetworkDrawerツールにより、複数の遺伝子をクエリとした共発現ネットワークを視覚的に表示できます。共発現データの一括ダウンロードも可能です。
作成機関：
NBDC
レコード管理者：
Integbio Database Catalog
本レコードの利用条件：
Creative Commons CC0 license
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