黒田大祐

クロダダイスケ | Kuroda Daisuke

所属機関・部署：
職名：主任研究官
ホームページURL (2件)： https://scholar.google.com/citations?hl=jp&user=3nTWsxcAAAAJ , https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=3nTWsxcAAAAJ

研究分野 (7件)：免疫学 , 生命、健康、医療情報学 , システムゲノム科学 , 構造生物化学 , 知能情報学 , ソフトコンピューティング , ケミカルバイオロジー

研究キーワード (13件)：計算科学 , 抗体 , ワクチン , バイオインフォマティクス , 分子設計 , 感染症 , 生物物理化学 , 情報科学 , 量子化学 , ゲノム科学 , 合成生物学 , システム生物学 , 感染免疫学

競争的資金等の研究課題 (19件)：

2022 - 2028 ウイルス免疫逃避に対抗する液性免疫記憶の進化機序の解明
2023 - 2026 脳オルガノイドとマウスモデルを用いたパラミクソウイルス中枢神経感染制御の研究
2021 - 2025 計算・情報科学で挑む医薬品の合理的な脳内輸送
2023 - 2024 構造情報を活用した交差中和抗体の分子デザインおよびスクリーニング手法の開発
2021 - 2024 感染症 B 細胞レパトア解析のための計算・情報基盤の構築

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論文 (59件)：

Koichi Yamamoto, Satoru Nagatoishi, Makoto Nakakido, Daisuke Kuroda, Kouhei Tsumoto. Functional insights of Tyr37 in framework region 2 directly contributing to the binding affinities and dissociation kinetics in single-domain VHH antibodies. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2024
Akinobu Senoo, Masato Hoshino, Toshiki Shiomi, Makoto Nakakido, Satoru Nagatoishi, Daisuke Kuroda, Ichiro Nakagawa, Jeremy R. H. Tame, Jose M, M. Caaveiro, et al. Structural basis for the recognition of human hemoglobin by the heme-acquisition protein Shr from Streptococcus pyogenes. Scientific Reports. 2024. 14. 1
Rimpa Paul, Keisuke Kasahara, Jiei Sasaki, Jorge Fernández Pérez, Ryo Matsunaga, Takao Hashiguchi, Daisuke Kuroda, Kouhei Tsumoto. Unveiling the affinity-stability relationship in anti-measles virus antibodies: a computational approach for hotspots prediction. Frontiers in Molecular Biosciences. 2024. 10
Traian Sulea, Sandeep Kumar, Daisuke Kuroda. Editorial: Progress and challenges in computational structure-based design and development of biologic drugs. Frontiers in Molecular Biosciences. 2024. 11
Taichi Sumikawa, Makoto Nakakido, Ryo Matsunaga, Daisuke Kuroda, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto. Generation of antibodies to an extracellular region of the transporters Glut1/Glut4 by immunization with a designed antigen. Journal of Biological Chemistry. 2024. 300. 2. 105640-105640

MISC (8件)：

黒田大祐, 高橋宜聖. 【ワクチンサイエンスとデザイン;分子から倫理まで】構造情報とコンピュータを活用したワクチンデザイン. BIO Clinica 2024年6月号. 2024. 印刷中
黒田大祐. 抗体および抗原の分子デザイン計算. 理論化学会誌「フロンティア」. 2023. 5. 1. 2-12
黒田大祐. 【治療の可能性が広がる抗体医薬】抗体コンピュータ設計の現在地. 実験医学増刊. 2022. 40. 20. 122-129
黒田大祐. 計算化学による抗体の立体構造モデリング. SAR News. 2022. 43. 9-23
黒田大祐, 津本浩平. 【構造生命科学による創薬への挑戦】タンパク質工学から創薬へ立体構造から眺めるSARS-CoV-2中和抗体. 医学のあゆみ. 2021. 278. 6. 609-615

書籍 (4件)：

Computer-Aided Antibody Design (Methods in Molecular Biology, 2552)
Humana 2022 ISBN:1071626086
創薬研究のための相互作用解析パーフェクト〜低中分子・抗体創薬におけるスクリーニング戦略と実例、in silico解析、一歩進んだ分析技術まで (実験医学別冊)
羊土社 2021 ISBN:4758122563
次世代医薬開発に向けた抗体工学の最前線
シーエムシー出版 2012 ISBN:9784781306735
Computational Biology: New Research
Nova Science Publishers, Inc. 2009 ISBN:9781606920404

講演・口頭発表等 (29件)：

In silico evolution of SARS-CoV-2 antibodies in humans increases the resilience against emerging Omicron subvariants
(第52回日本免疫学会学術集会 2024)
AlphaFold時代の抗体分子設計
(日本化学会春季年会 2023)
情報技術を用いた抗体の進化と分子設計に関する研究
(京都大学医生物学研究所ウイルス学の潮流セミナー2022 2022)
抗体創薬における計算・情報科学
(第5回大阪公立大学アカデミア創薬シンポジウム 2022)
計算・情報技術を用いた抗体設計
(第22回日本蛋白質科学会年会 2022)

学歴 (2件)：

2006 - 2011 大阪大学蛋白質研究所 (生命機能研究科)
2002 - 2006 北里大学薬学部

学位 (1件)：

博士 (理学) (大阪大学)

経歴 (13件)：

2022/04 - 現在厚生労働省国立感染症研究所治療薬・ワクチン開発研究センター第六室主任研究官
2022/04 - 2023/03 東京大学教養学部非常勤講師
2019/04 - 2022/03 東京大学大学院工学系研究科医療福祉工学開発評価研究センター講師
2018/04 - 2022/03 中央大学理工学研究科兼任講師
2018/02 - 2019/03 東京大学大学院工学系研究科医療福祉工学開発評価研究センター助教

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委員歴 (3件)：

2019 - 現在 Rosetta Consortium Rosetta affiliate
2017/01 - 2019/12 日本生物物理学会分野別専門委員 (抗体工学)
2019 - 日本薬学会構造活性相関部会構造活性フォーラム実行委員

受賞 (3件)：

2019 - 日本生化学会 JB論文賞
2015/11 - 日本薬学会メディシナルケミストリーシンポジウム優秀賞
2008/06 - 日本蛋白質科学会ポスター賞

所属学会 (13件)：

CBI学会 , 日本バイオインフォマティクス学会 , 「細胞を創る」研究会 , 人工知能学会 , The Protein Society , 日本生物物理学会 , 日本蛋白質科学会 , 言語処理学会 , 日本DDS学会 , 日本ワクチン学会 , 日本免疫学会 , 分子シミュレーション学会 , 日本薬学会

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