特許
J-GLOBAL ID：201503006907763953
タンパク質のアミノ酸配列決定方法及び装置
発明者：
,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
特許業務法人京都国際特許事務所
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2014-029414
公開番号（公開出願番号）：特開2015-152556
出願日： 2014年02月19日
公開日（公表日）： 2015年08月24日
要約：
【課題】cDNAに基づくタンパク質DBを使用した場合でも、タンパク質の末端部分の配列を的確に推定するとともに末端部分以外の配列推定の信頼性も向上させる。【解決手段】cDNAに基づくタンパク質DBに収録されているアミノ酸配列に基づき、タンパク質毎に、末端部分の最末端から所定長さのアミノ酸配列の中で最末端からアミノ酸残基を1個ずつ除去した複数のアミノ酸配列を作成してタンパク質に対応付けた末端配列DBを作成しておく。そして、目的タンパク質由来のペプチド混合物をMS2分析した結果に基づき、末端配列DBを使用したMS/MSイオンサーチを行う。末端配列DBには、シグナルペプチドが脱落した実測のタンパク質の末端部分のアミノ酸配列と合致する配列が収録されているので、末端ペプチドも同定することができ、Swiss-Protを使用した検索結果と合わせることでタンパク質全体を同定することができる。【選択図】図3
請求項（抜粋）：
目的タンパク質由来のペプチド混合物を質量分析することで得られたマススペクトル情報に基づくデータベース検索を行うことにより、前記目的タンパク質のアミノ酸配列を決定する又は該アミノ酸配列を決定するための情報を提供するタンパク質のアミノ酸配列決定方法において、
a)既知のタンパク質のアミノ酸配列が収録されるデータベースであって、各既知タンパク質のアミノ酸配列のN末端アミノ酸残基の位置Sが、1≦S≦p(但し、当該既知タンパク質をコードするmRNA上のコーディング領域の開始コドンに対応するアミノ酸残基を1番目、当該既知タンパク質をコードするmRNA上のコーディング領域の塩基配列情報に基づき生体内に存在する状態のタンパク質のN末端アミノ酸残基をp番目とする)であるアミノ酸配列からなる、既知のタンパク質のデータベースから得られるアミノ酸配列情報に基づいて、各既知タンパク質についてN末端から所定長さのアミノ酸残基からなるアミノ酸配列を抽出し、その所定長さのアミノ酸配列中のアミノ酸残基をN末端側の最末端から順に除去した前記所定長さ以下の長さの末端近傍アミノ酸配列を求め、該アミノ酸配列によりN末端配列データベースを作成するN末端配列データベース作成ステップと、
b)目的タンパク質由来の前記マススペクトル情報を、前記N末端配列データベースに収録されているアミノ酸配列又は該配列から求まる情報と照合することにより、前記目的タンパク質の末端部分のアミノ酸配列を推定するデータベース検索ステップと、
を有することを特徴とするタンパク質のアミノ酸配列決定方法。
IPC (2件)：
FI (3件)：
G01N27/62 V
, G01N27/62 D
, G01N33/68
2G041CA01
, 2G041DA04
, 2G041FA13
, 2G041GA10
, 2G041JA06
, 2G041KA01
, 2G041LA07
, 2G041LA12
, 2G045AA34
, 2G045JA01
, 4H045AA40
, 4H045BA10
, 4H045EA50
