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J-GLOBAL ID：201602236862135661   整理番号：16A0818898

DNA研究における汎用プライマーの魚類環境スクリーニング検証【JST・京大機械翻訳】

Universal primer screening and verification for fish environment DNA research

著者 (5件)： Liu Jun (Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm Resources,Ministry of Agriculture,Shanghai Ocean University) ,  Zhao Liangjie (Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm Resources,Ministry of Agriculture,Shanghai Ocean University) ,  Fan Yingchun (Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm Resources,Ministry of Agriculture,Shanghai Ocean University) ,  Zhang Xinlei (Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm Resources,Ministry of Agriculture,Shanghai Ocean University) ,  Liu Qigen (Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm Resources,Ministry of Agriculture,Shanghai Ocean University)
資料名： Danshui Yuye  (Danshui Yuye)
巻： 46  号： 1  ページ： 9-17  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2668A  ISSN： 1000-6907  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 1つの汎用性と適用性が良好で環境DNA(EDNA)研究の魚類に適用できるプライマーをスクリーニングするために,関連文献の中から魚類のミトコンドリアゲノムの部分断片の5対のプライマーを選択した。ミトコンドリアD-LOOP区、16S RRNA遺伝子とCOI遺伝子およびCYT B遺伝子部分断片に対して別々に増幅を行い。QIANDAO湖48種魚類のゲノムDNAに対して増幅を行った後に比較したところ,プライマーが16SとCOI遺伝子はいずれも良好な増幅効果を得ることができ,汎用性は他のいくつかの対のプライマーよりも優れていた。プライマーが16Sの増幅産物はゲル電気泳動を経ていずれも明るいの目的バンドが現れ,COIプライマーと3種類の魚のあるバンドが電気泳動ゲル検出輝度を経て比較的暗い。上記プライマーを用いて環境試料CDNAに対する増幅時に発見し,16SとCOIのプライマーが良好な増幅効果を持つあるのみであり,明らかに単一ブライトバンドを得ることができた。この2つのプライマーのPCR生成物のクローニング後にシークエンシング照合16SのPCR産物はすべてQIANDAO湖では魚類種の遺伝子フラグメントが見られよく,COIのPCR生成物が細菌のCOI遺伝子の部分断片であるであることを見出した。以上,我々は,プライマーが16Sの汎用性と適用性により魚類群集構造のCDNA研究の汎用プライマーとしていずれも適切であると考える。Data from the ScienceChina, LCAS.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 魚群 ,  ミトコンドリア ,  適応性 ,  ゲル ,  遺伝子 ,  *DNA【核酸】 ,  *スクリーニング ,  ゲル電気泳動 ,  環境試料 ,  湖沼 ,  汎用性
準シソーラス用語： アンプリコン ,  ゲノムDNA ,  COI遺伝子 ,  環境DNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： primer screening ,  mitochondrial marker ,  environment DNA ,  Qiandao Lake

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： DNA ,  研究 ,  汎用 ,  プライマー ,  魚類 ,  環境 ,  スクリーニング ,  検証