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J-GLOBAL ID：201602240960589196   整理番号：16A1309493

ゲノムワイド関連解析:非近交系マウスの複数の複雑形質について,超低カバー率塩基配列決定により行うゲノムワイド関連解析

Genome-wide association of multiple complex traits in outbred mice by ultra-low-coverage sequencing

著者 (44件)： NICOD Jerome (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  DAVIES Robert W (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  CAI Na (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  GOODSTADT Leo (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  BOPP Nasrin (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  BHOMRA Amarjit (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  HERNANDEZ-PLIEGO Polinka (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  MOTT Richard (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  FLINT Jonathan (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  HASSETT Carl (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  HOUGH Tertius (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  JOYNSON Russell (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  PHELPS Hayley (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  NELL Barbara (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  ROWE Clare (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  WOOD Joe (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  WALLING Alison (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  HARRISON Mark (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  FRAY Martin (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  WEAVER Tom (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  WELLS Sara (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  COSGROVE Cormac (Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  KLENERMAN Paul (Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  YEE Benjamin K (Hong Kong Polytechnic Univ., Hong Kong, CHN) ,  LIONIKAITE Vikte (Univ. Aberdeen, Aberdeen, GBR) ,  GREGORY Jennifer S (Univ. Aberdeen, Aberdeen, GBR) ,  ASPDEN Richard M (Univ. Aberdeen, Aberdeen, GBR) ,  LIONIKAS Arimantas (Univ. Aberdeen, Aberdeen, GBR) ,  MCINTYRE Rebecca E (Wellcome Trust Sanger Inst., Hinxton, GBR) ,  ADAMS David J (Wellcome Trust Sanger Inst., Hinxton, GBR) ,  REMME Carol Ann (Academic Medical Center, Amsterdam, NLD) ,  LODDER Elisabeth M (Academic Medical Center, Amsterdam, NLD) ,  PINTO Yigal M (Academic Medical Center, Amsterdam, NLD) ,  BEZZINA Connie R (Academic Medical Center, Amsterdam, NLD) ,  CALLEBERT Jacques (INSERM, Paris, FRA) ,  LAUNAY Jean-Marie (INSERM, Paris, FRA) ,  TALBOT Nick P (Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  ROBBINS Peter A (Univ. Oxford, Oxford, GBR) ,  BLIZARD David A (Pennsylvania State Univ., Pennsylvania, USA) ,  FRANKEN Paul (Univ. Lausanne, Lausanne, CHE) ,  BROWN Steve D M (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  POTTER Paul K (MRC Harwell, Harwell, GBR) ,  MOTT Richard (Univ. Coll. London, London, GBR) ,  FLINT Jonathan (Univ. California, Los Angeles, California, USA)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 48  号： 8  ページ： 912-918  発行年： 2016年08月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 齧歯類の複雑形質の遺伝学的解析を難しくしている2つのボトルネックとは,遺伝子レベルのマッピング解析精度に耐えうる対象集団があるかということと,集団特異的な遺伝子型決定用アレイおよびハプロタイプ参照パネルが必要であることである。本研究では,市販の非近交系マウス1,887匹を用いて,低カバー率(0.15倍)塩基配列決定と,祖先のハプロタイプの場所を推定する新しいコンピューター解析手法を組み合わせて用いた。92の形質に関する156のユニークな量的形質座位(QTL)を,5%偽検出率(FDR)のレベルで位置決定した。これら座位の5分の1について,遺伝子レベルの解像度でのマッピングを達成し,Unc13cとPgc1aが睡眠の質の座位に,Adarb2がホームケージ行動の座位,Rtkn2が驚愕に対する反応の強さに関連する座位,Bmp2が創傷治癒の座位,Il15とId2がT細胞測定値のいくつかの座位,Prkcaが骨ミネラル量の座位に位置することが明らかになった。これらの知見は哺乳類生物学の多様な分野において有意義であり,高い率で組換えが起こっている非近交系集団の種に対して低カバー率塩基配列決定を行うことにより,ゲノムワイド関連解析を拡張できることを証明した。Copyright Nature Japan KK 2017

シソーラス用語： *ゲノムワイド関連解析 ,  *マウス ,  *性質 ,  解析 ,  量的形質遺伝子座 ,  睡眠 ,  行動 ,  創傷治癒 ,  骨塩量 ,  生体反射 ,  T細胞
準シソーラス用語： *QTL【遺伝】 ,  コンピュータ解析 ,  ホームケージ行動 ,  塩基配列決定 ,  驚愕反応 ,  *非近交系マウス ,  *複雑形質

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  動物学一般  (EJ01010X) ,  動物生理一般  (EJ02010E) ,  遺伝学一般  (EC01010C)

タイトルに関連する用語 (4件)： ゲノムワイド関連解析 ,  近交系マウス ,  形質 ,  塩基配列