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J-GLOBAL ID：201602241294145710   整理番号：16A1114076

Brassica napusにおけるSBPボックス遺伝子ファミリーのゲノム同定や,特性評価および差次的発現解析

Genomic identification, characterization and differential expression analysis of SBP-box gene family in Brassica napus

著者 (9件)： CHENG Hongtao (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  HAO Mengyu (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  WANG Wenxiang (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  MEI Desheng (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  TONG Chaobo (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  WANG Hui (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  LIU Jia (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  FU Li (Chinese Acad. of Agricultural Sci.) ,  HU Qiong (Chinese Acad. of Agricultural Sci.)
資料名： BMC Plant Biology (Web)  (BMC Plant Biology (Web))
巻： 16  号： Sept  ページ： 16:196 (WEB ONLY)  発行年： 2016年09月 
JST資料番号： U7027A  ISSN： 1471-2229  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:SBPボックス遺伝子は転写因子の最も大きなファミリーの1つに属する。このファミリーのメンバーは多様な生物学的プロセスの重要な調節因子であると特徴付けられているが,第3の最も重要な種子植物Brassica napusのSBPボックス遺伝子の情報はほとんど不明である。結果:本研究では,全ゲノムバイオインフォマティクス解析と転写プロファイリングにより,油糧種子ナタネ(Brassica napus L.)のSBPボックス遺伝子ファミリーの推定メンバーを同定し,種々の組織におけるそれらの発現パターンならびにmiRNAとの可能な相互作用を分析した。さらに,対照的な分枝角を有するB.napus系統を用いて,植物構造調節におけるSBPボックス遺伝子の関与を調べた。ゲノム構成や,構造的特徴や,保存されたドメインおよび系統発生的関係を含む詳細な遺伝子情報を体系的に特徴付けた。系統発生分析により,BnaSBP蛋白質は,シロイヌナズナおよびイネにおけるそれらのファミリーメンバーとの明確なオルソログ関係を表す8つの異なるグループに分類された。栄養および生殖器官を含む12の組織における発現分析は,SBPボックス遺伝子間での異なる発現パターンを示し,多くの遺伝子は組織特異的発現を示し,発生プロセスに関与する多様な機能を示している。44のSBPボックス遺伝子は,推定上のmiR156結合部位を含むことが確かめられ,コーディング領域および3′UTR領域において,miR156はそれぞれ30および14の遺伝子を標的とした。miR156の相対発現レベルは,組織全体で変化する。いくつかのBnaSBP遺伝子の異なる発現パターンおよびmiR156とその標的BnaSBP遺伝子との間の転写レベルの負の相関が,異なる分岐角を有する系統で観察された。結論:まとめると,本研究は,Brassica napusにおけるSBPボックス遺伝子ファミリーの最初の系統的解析を表す。ここに示されたデータは,植物発生および他の生物学的プロセスにおけるBnaSBP遺伝子の重要な役割を理解するための基本的基礎を提供する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： アブラナ属 ,  *転写因子 ,  遺伝子 ,  遺伝学 ,  分子構造 ,  解析 ,  遺伝子発現 ,  アンチセンスRNA
準シソーラス用語： Brassica napus ,  SBPボックス遺伝子 ,  ゲノム解析 ,  遺伝子構造 ,  分子系統解析 ,  遺伝子発現プロファイル ,  miR-156

分類 (1件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (8件)： Brassica ,  ボックス ,  遺伝子ファミリー ,  ゲノム ,  同定 ,  特性評価 ,  差次的発現 ,  解析